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- PDB-5jyd: Crystal Structure of a Putative Short Chain Dehydrogenase from Bu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jyd
タイトルCrystal Structure of a Putative Short Chain Dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia
要素Short chain dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Putative short-chain dehydrogenase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Short chain dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: TBD
著者: SSGCID / Yano, J.Y. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
C: Short chain dehydrogenase
D: Short chain dehydrogenase
E: Short chain dehydrogenase
F: Short chain dehydrogenase
G: Short chain dehydrogenase
H: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,68387
ポリマ－260,9268
非ポリマー12,75779
水39,7952209
1
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
C: Short chain dehydrogenase
D: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,81143
ポリマ－130,4634
非ポリマー6,34739
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Short chain dehydrogenase
F: Short chain dehydrogenase
G: Short chain dehydrogenase
H: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,87344
ポリマ－130,4634
非ポリマー6,41040
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.800, 107.820, 117.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Short chain dehydrogenase


分子量: 32615.799 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAL1205 / プラスミド: BuceA.00010.v.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EEE3

-
非ポリマー , 6種, 2288分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: BuceA.00010.v.B2.PS01749 at 26.4 mg/ml in 20 mM Hepes pH 7.0, 0.3M NaCl, 5% Glycerol, 1 mM TCEP mixed 1:1 with MCSG1E(E07): 20% PEG-3350,0.2 M Ammonium Iodide.MCSG1E: batch of MCSG1 screens ...詳細: BuceA.00010.v.B2.PS01749 at 26.4 mg/ml in 20 mM Hepes pH 7.0, 0.3M NaCl, 5% Glycerol, 1 mM TCEP mixed 1:1 with MCSG1E(E07): 20% PEG-3350,0.2 M Ammonium Iodide.MCSG1E: batch of MCSG1 screens delivered from production core was missing 2 wells. Cryoprotected with 15%EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月14日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 255624 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.15 % / Biso Wilson estimate: 13.93 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.74
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.65-1.690.4692.38199.8
1.69-1.740.3653.03199.7
1.74-1.790.2983.68199.8
1.79-1.840.2434.5199.7
1.84-1.910.2055.26199.7
1.91-1.970.1616.73199.8
1.97-2.050.1347.99199.7
2.05-2.130.1099.62199.6
2.13-2.220.09111.4199.6
2.22-2.330.07913.01199.5
2.33-2.460.06714.95199.5
2.46-2.610.06116.48199.3
2.61-2.790.05418.46199.1
2.79-3.010.04620.63198.9
3.01-3.30.0422.95198.9
3.3-3.690.03625.18198.6
3.69-4.260.03226.98198.4
4.26-5.220.02928.43197.8
5.22-7.380.03227.89197.1
7.380.02729.42194.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→48.937 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1741 14699 6.04 %
Rwork0.1405 --
obs0.1425 243259 94.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.39 Å2 / Biso mean: 21.3645 Å2 / Biso min: 5.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→48.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17082 0 438 2209 19729
Biso mean--20.29 30.52 -
残基数----2330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00918094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02224842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9110945
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.66880.26854260.23586907733386
1.6688-1.68840.26964770.2346862733986
1.6884-1.7090.24754940.21026924741887
1.709-1.73060.23914960.20157058755488
1.7306-1.75340.23714470.19787100754789
1.7534-1.77740.2314540.1877188764289
1.7774-1.80280.22944540.18167357781191
1.8028-1.82970.20934730.17137301777491
1.8297-1.85830.20794810.17317396787792
1.8583-1.88880.21714490.16797437788692
1.8888-1.92140.20634550.16427574802994
1.9214-1.95630.21194890.15157580806995
1.9563-1.99390.18284950.14747626812195
1.9939-2.03460.2015140.15177714822896
2.0346-2.07890.19864910.14727741823296
2.0789-2.12720.17974970.13987847834497
2.1272-2.18040.15655100.13087780829097
2.1804-2.23940.17155240.12967825834998
2.2394-2.30530.1665120.12417880839298
2.3053-2.37970.15115030.12127901840498
2.3797-2.46470.1564920.12167933842598
2.4647-2.56340.15764910.12047944843598
2.5634-2.68010.16844810.1237975845699
2.6801-2.82130.16575080.12457965847398
2.8213-2.99810.15875200.13017962848298
2.9981-3.22950.16644910.13427965845699
3.2295-3.55440.1655330.13457966849998
3.5544-4.06860.14465060.12597971847798
4.0686-5.12510.13025170.11037979849698
5.1251-48.9580.17775190.15857902842196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3594-0.4777-0.23581.9576-0.03771.1609-0.0017-0.0159-0.236-0.02530.0110.08680.196-0.1075-0.00730.0966-0.03230.00120.10490.01370.1481-8.9617-8.97993.5869
21.90880.5348-1.56421.3814-1.04532.7462-0.00590.19130.0568-0.10060.05530.13370.032-0.1971-0.0590.07380.0041-0.03720.1270.00950.1401-15.76843.8578-3.55
31.4262-0.0143-0.52070.3734-0.00811.4209-0.01540.13640.0425-0.03130.01820.04920.0438-0.1119-0.00380.0974-0.0211-0.01570.05670.0090.09311.10643.1473-7.7138
41.34720.2322-0.00731.26321.00932.98020.0343-0.05090.14510.0728-0.0480.0824-0.1066-0.06650.02130.0829-0.01060.00170.04010.00310.08957.0518.1009-2.0757
51.41220.2434-0.03930.6486-0.20131.24110.01290.0088-0.1863-0.0391-0.00410.02840.1428-0.033-0.01150.09020.0015-0.00670.06770.01190.10412.5506-6.52153.6181
62.9978-0.3323.20381.5597-0.18473.7023-0.2473-0.46560.46890.12660.0568-0.0374-0.4501-0.18180.17420.3201-0.00230.02910.2563-0.14070.26038.021419.253622.1161
71.79360.20230.28790.8676-0.30621.1484-0.0401-0.4440.10690.18750.04060.0343-0.0707-0.0659-0.00360.20950.00850.02360.2981-0.02150.08668.70951.995930.6111
82.34820.38730.04920.66470.54170.76360.1499-0.5075-0.05490.3624-0.0325-0.0552-0.03820.013-0.1110.32390.01-0.00450.4697-0.01140.11111.17861.294739.3581
91.8315-0.0069-1.67420.71740.42171.8437-0.0649-0.4964-0.23250.25280.0416-0.04370.13560.01760.04070.2791-0.0097-0.02250.37170.09930.142616.8789-11.437234.8709
101.87160.4834-0.74051.279-0.73811.12410.0033-0.3303-0.07350.1447-0.0096-0.0793-0.00530.01720.00510.14870.0001-0.02640.15040.00510.067223.2764-4.235521.5814
112.86341.08491.25011.92391.73141.6370.0837-0.2065-0.17410.2289-0.1050.04540.0916-0.07560.03190.11670.0037-0.00330.09690.04070.073620.2434-8.763614.0205
121.59960.19710.55081.690.96371.7867-0.0132-0.24080.16070.07910.0111-0.0398-0.19150.02660.01360.13560.00210.00710.1351-0.01040.07412.36235.321217.7672
130.8320.05930.13631.55140.49530.7649-0.00980.13660.2039-0.04660.0164-0.0959-0.07410.045-0.00840.1212-0.02510.01370.08250.03580.123432.528216.76-17.1866
142.7712-0.97470.04321.11430.08840.49650.06350.43030.2618-0.2013-0.015-0.0864-0.2461-0.0109-0.00680.214-0.02790.01270.19390.08070.142529.893719.7932-28.3597
151.82130.34810.01620.72270.13771.09760.010.42190.0423-0.14240.0034-0.0008-0.0548-0.0899-0.02420.1798-0.0196-0.00570.1810.03030.092220.4639.169-31.1397
161.5271-0.0881-0.52810.6070.09991.15210.01890.1850.1748-0.04080.01920.0646-0.0738-0.0909-0.03640.1137-0.0137-0.01690.07310.03220.09212.650610.4972-17.5468
171.9042-0.6778-1.03311.32110.66451.7475-0.0295-0.02130.10280.01870.0552-0.01370.02860.0922-0.02250.0992-0.0062-0.01180.03830.01280.072820.32496.2595-10.8889
183.1729-1.8833-0.61685.19640.80240.93510.00030.1249-0.0652-0.14320.0013-0.04740.00730.022-0.00250.0931-0.0128-0.00750.05430.00650.039915.86060.339-12.3851
190.8556-0.1039-0.03761.052-0.06060.7314-0.01240.02130.12760.07010.018-0.0178-0.0524-0.0003-0.00340.1038-0.016-0.00470.04580.0010.097927.779910.8742-8.3665
202.1201-1.14481.99535.2144-2.16133.020.11460.1884-0.1699-0.505-0.09880.01040.46230.07440.0010.20180.03210.00660.1025-0.06140.226931.9096-21.2193-14.009
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220.3233-0.14830.05311.4074-0.76331.3684-0.02250.0368-0.1409-0.04440.0209-0.24110.09380.07090.00790.10250.00660.00010.0659-0.00150.211849.227-8.828-3.7769
231.59980.1441-0.26490.3942-0.0130.5644-0.0042-0.23-0.20320.0768-0.0403-0.17520.04620.04280.04930.12560.0063-0.0450.08750.03430.16142.3549-8.520611.6174
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311.491-1.2188-0.06834.9523-4.02436.16780.0430.04460.1090.0043-0.1043-0.0964-0.12250.00940.06270.0755-0.012-0.01440.0901-0.0270.0652-4.83561.1425-50.2112
321.7886-0.35240.27781.85550.0481.5801-0.01670.0894-0.29360.0360.0294-0.00340.2248-0.0231-0.01480.1111-0.0181-0.00150.1123-0.03480.112-0.1367-12.3298-58.3668
330.0784-0.0577-0.36081.22180.47461.6884-0.10260.47170.3926-0.2520.08520.1647-0.4148-0.22050.00290.356-0.0238-0.0410.48350.21650.3276-9.752413.7892-78.573
340.77080.22070.15940.34050.08271.0011-0.13960.44310.0352-0.15840.20260.0549-0.024-0.2398-0.0360.2396-0.1183-0.00150.52060.01440.1115-4.9141-2.2141-85.8005
350.1027-0.0098-0.08890.04310.05360.1898-0.01430.0561-0.0296-0.06820.04460.03160.0785-0.15730.07180.373-0.26150.00130.6936-0.09560.0956-14.3313-11.1169-90.1017
360.64250.5124-0.23230.47120.04650.9016-0.11050.4860.0985-0.23290.20840.1456-0.0205-0.33670.06160.1938-0.119-0.03760.4974-0.00580.1372-20.7559-6.849-75.8847
373.1805-0.94531.37793.2618-1.13192.0863-0.08550.412-0.1229-0.23130.0739-0.00870.1462-0.20960.00860.1479-0.08120.00220.2882-0.04960.1098-17.807-12.5703-69.2155
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390.425-0.93870.66882.707-0.23223.497-0.20580.10890.4354-0.19920.05970.4487-0.4597-0.28980.11690.3780.12270.03140.23280.10670.5481-33.773615.4467-45.1143
402.96810.90090.15231.9322-0.50721.5170.0533-0.08470.47180.1338-0.00730.2733-0.2203-0.2647-0.04680.19670.03410.07050.2037-0.03420.1921-29.5315.4705-31.402
413.4833-0.05140.96480.84570.2481.30070.0632-0.35670.11970.1322-0.01850.0852-0.1202-0.11-0.04950.189-0.01070.04520.2094-0.02580.1275-24.1196-0.029-23.7919
421.91560.471-1.12820.6845-1.08742.13860.0427-0.19840.08580.1438-0.0330.0893-0.0865-0.0166-0.00740.1443-0.0006-0.00510.1413-0.04650.0876-10.6930.0327-34.3209
434.34944.194-2.92156.8924-2.94663.38810.04160.02040.06670.0502-0.02590.25080.0983-0.2316-0.03250.0971-0.0019-0.01630.1296-0.04470.0978-18.1497-2.5269-41.9139
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464.6451-2.0406-1.61772.6781.2521.7186-0.09130.05180.022-0.02320.04640.07730.0926-0.35930.04220.1473-0.0689-0.0210.3359-0.04280.1262-29.9029-11.0469-58.6736
470.75291.6234-0.10815.18562.35153.9964-0.07320.2830.1628-0.0772-0.00860.5199-0.1052-0.37580.06010.095-0.0343-0.03190.3348-0.01560.1845-29.5627-4.6125-62.6902
481.16561.06420.73461.43640.34971.57710.00370.1259-0.24620.07560.01320.08690.2616-0.3387-0.00710.1698-0.10020.01460.2919-0.03150.2012-30.057-16.296-51.3415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 101 )A24 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 146 )A102 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 216 )A147 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 217 through 240 )A217 - 240
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 241 through 314 )A241 - 314
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 23 through 39 )B23 - 39
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 40 through 101 )B40 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 102 through 117 )B102 - 117
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 118 through 146 )B118 - 146
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 147 through 216 )B147 - 216
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 217 through 240 )B217 - 240
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 241 through 314 )B241 - 314
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 24 through 101 )C24 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 102 through 117 )C102 - 117
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 118 through 146 )C118 - 146
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 147 through 194 )C147 - 194
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 195 through 216 )C195 - 216
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 217 through 240 )C217 - 240
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 241 through 314 )C241 - 314
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 24 through 39 )D24 - 39
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 40 through 59 )D40 - 59
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 60 through 117 )D60 - 117
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 118 through 194 )D118 - 194
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 195 through 240 )D195 - 240
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 241 through 314 )D241 - 314
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 23 through 42 )E23 - 42
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 43 through 59 )E43 - 59
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 60 through 101 )E60 - 101
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 102 through 146 )E102 - 146
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 147 through 216 )E147 - 216
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 217 through 240 )E217 - 240
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 241 through 314 )E241 - 314
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 24 through 59 )F24 - 59
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 60 through 117 )F60 - 117
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 118 through 146 )F118 - 146
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 147 through 216 )F147 - 216
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 217 through 240 )F217 - 240
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 241 through 314 )F241 - 314
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 24 through 39 )G24 - 39
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 40 through 79 )G40 - 79
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 80 through 146 )G80 - 146
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 147 through 194 )G147 - 194
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 195 through 216 )G195 - 216
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'G' and (resid 217 through 314 )G217 - 314
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 24 through 194 )H24 - 194
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 195 through 216 )H195 - 216
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 217 through 240 )H217 - 240
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 241 through 314 )H241 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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