PDB-5jxw: 2.25 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jxw

タイトル

2.25 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with Neplanocin-A and NAD

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / S-adenosylhomocysteinase / Neplanocin-A / NAD / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.25 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with Neplanocin-A and NAD
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Other
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jxw.cif.gz	787.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jxw.ent.gz	656 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5jxw_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jxw_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	5jxw_validation.xml.gz	75.8 KB	表示
CIF形式データ	5jxw_validation.cif.gz	105.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/5jxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/5jxw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hm8S 5jpi S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tls-d 5jpi-d 5t8k-d 5utu-1 5hm8-2 5tj9-d 5hm8-1 5utu-2 1v8b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp95479

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.885, 136.486, 107.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 56200.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 6種, 771分子

#2: 化合物	ChemComp-6OS / Neplanocin-A / (1S,2R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-(hydroxymethyl)cyclopent-3-ene-1,2-diol / ネプラノシンA 分子量: 263.253 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₃N₅O₃
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 9.3 mg/ml, 0.1M Tris HCl (pH 8.3),1mM NeplanocinA; Screen: Classics II (D7), 0.1M Bis-Tris-HCL (pH 6.5), 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月18日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 96622 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 41.6 Å² / CC_1/2: 0.87 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB-5HM8

5hm8

解像度: 2.25→29.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 13.603 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22103	4857	5 %	RANDOM
R_work	0.17341	-	-	-
obs	0.1758	91403	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.12 Å²	0 Å²	4.32 Å²
2-	-	-2.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15383	0	338	754	16475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	16106
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	15621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.996	21760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.893	3	36077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.852	5	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.13	25.206	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.998	15	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.169	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	17750
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.6	2.822	7851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.599	2.82	7847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.667	4.223	9817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.666	4.223	9818
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.794	3.148	8255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.794	3.148	8255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.91	4.609	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.389	23.613	19130
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.36	23.328	18871
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.432	384	-
R_work	0.391	6561	-
obs	-	-	98.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9976	0.7883	0.2992	1.0694	0.5703	1.563	0.1666	-0.1432	-0.4452	0.2944	-0.0174	-0.1678	0.2475	0.2524	-0.1492	0.1388	0.018	-0.1296	0.2243	0.0328	0.2217	-26.1822	-31.8306	8.3007
2	1.8185	-0.1325	-0.6282	1.8808	0.1318	2.023	0.005	-0.1071	-0.0027	0.1726	-0.0253	0.2796	0.1287	-0.1366	0.0203	0.0381	-0.0095	-0.0139	0.1501	-0.0055	0.1605	-49.137	-23.9152	9.7112
3	0.3496	0.0232	-0.3993	0.8735	0.3165	0.6097	0.0556	0.0446	0.0306	-0.0297	0.0085	0.0249	-0.0688	0.0154	-0.064	0.041	0.0178	-0.0708	0.2896	0.005	0.2025	-30.5402	-22.8939	-15.5885
4	1.3577	0.5898	-0.0939	1.5463	0.5732	1.3564	0.0598	0.0638	-0.0628	0.1165	-0.0673	0.196	0.0982	-0.2031	0.0075	0.0457	-0.0035	-0.0807	0.336	-0.001	0.285	-39.7993	-37.3491	-18.0507
5	0.6681	0.5578	-0.5538	0.8621	-0.7391	0.6596	0.1308	-0.0672	0.106	0.147	-0.0535	0.0334	-0.1223	0.0832	-0.0773	0.0799	-0.0092	-0.0687	0.2421	-0.0392	0.1707	-17.0756	-10.3811	-1.9178
6	1.7693	0.4769	0.2877	1.6079	0.5211	0.8412	-0.1001	0.2173	0.243	-0.4129	0.0708	0.0707	-0.2598	-0.0071	0.0294	0.1822	0.021	-0.0377	0.1747	0.0829	0.0961	-20.6624	11.7333	-38.3142
7	1.5202	-0.4261	-1.1428	3.2229	1.4453	1.5413	-0.1562	-0.0402	0.0457	-0.1776	0.2039	-0.2673	-0.1009	0.3228	-0.0476	0.2218	-0.0325	-0.0425	0.2569	0.0316	0.1418	-7.7882	24.6678	-20.6743
8	0.3194	-0.3133	-0.1118	1.4763	0.0331	0.3238	0.0347	0.0067	0.0333	-0.1161	0.0195	-0.1563	-0.0977	0.0101	-0.0541	0.0524	-0.0068	-0.0135	0.201	-0.0042	0.1545	-10.4842	-7.6525	-22.0373
9	1.9436	-0.4844	-0.272	1.2628	0.1505	0.3943	0.0163	0.0488	0.1417	-0.1637	0.0097	-0.2956	-0.1233	0.0659	-0.026	0.0572	-0.0277	0.0268	0.1509	0.0234	0.1457	-1.5423	-1.4968	-29.2008
10	0.3496	0.55	-0.0554	2.6117	-0.1223	0.0413	0.0801	0.0078	0.0071	-0.0749	-0.021	0.2798	-0.068	-0.087	-0.0591	0.2127	0.1155	-0.022	0.4062	0.0469	0.3089	-36.2755	-5.668	-21.2443
11	1.1623	-0.4252	0.5201	0.6674	0.1743	2.0716	0.0409	0.1457	0.0986	-0.3162	0.1646	-0.2748	-0.6183	0.5618	-0.2055	0.316	-0.1813	0.1434	0.3598	-0.0499	0.1998	10.8661	-20.0452	-56.8816
12	3.1462	-1.2871	-0.0236	2.4231	-0.9997	3.9306	0.3383	0.3237	-0.0328	-0.5289	0.0007	-0.0448	-0.1229	0.0387	-0.339	0.1926	0.0088	0.0274	0.1639	-0.009	0.0508	-0.6374	-29.5415	-77.072
13	0.7381	-0.27	-0.4483	0.6251	0.3214	1.0501	0.0732	0.0455	-0.0174	-0.2154	0.025	0.0148	-0.1726	-0.017	-0.0982	0.1076	0.0191	-0.0423	0.2639	0.009	0.1264	-11.6269	-29.7098	-46.34
14	2.0676	-0.7251	0.4041	1.6814	0.1615	1.9433	0.2011	0.3229	0.1704	-0.343	-0.0771	0.1441	-0.5157	-0.2279	-0.124	0.27	0.1108	-0.0211	0.2627	0.0926	0.1193	-19.5425	-17.2504	-55.0375
15	0.5072	0.2508	-0.2078	0.5752	-0.6992	2.2179	0.0717	0.0321	-0.1117	-0.0683	0.0564	-0.1904	0.0216	0.3148	-0.1282	0.0753	-0.0063	-0.025	0.3943	-0.075	0.2931	8.7536	-39.2088	-40.2328
16	0.9413	-0.6213	-0.0614	1.479	0.1188	1.0008	-0.0728	-0.0398	-0.1005	0.0941	-0.0082	0.2127	0.2071	-0.077	0.081	0.0883	-0.0133	-0.0583	0.275	0.0122	0.2143	-20.1341	-65.6917	-24.1974
17	1.8295	-0.4874	-0.7932	7.0925	1.9324	3.7482	-0.1369	-0.3526	0.0445	0.9095	0.2602	-0.3555	0.5817	0.4731	-0.1233	0.1819	0.0929	-0.0888	0.2475	0.0281	0.1053	2.1753	-73.4572	-15.5102
18	0.1695	-0.0815	-0.2156	1.6397	0.4067	0.8886	0.0106	-0.0358	-0.0109	0.019	-0.0063	-0.0819	-0.0199	0.0927	-0.0043	0.0409	0.0282	-0.0883	0.3283	-0.0036	0.207	-4.5992	-45.0955	-22.9306
19	0.6769	0.4084	1.0058	1.4808	1.0272	2.6566	0.0439	-0.043	-0.1345	0.295	0.0391	-0.0009	0.1102	0.0179	-0.083	0.1193	0.0043	-0.0846	0.3251	0.0222	0.1809	-8.5444	-48.5092	-11.9012
20	0.276	-0.1989	-0.0709	1.4977	-0.5549	0.4162	0.0085	0.1021	-0.047	-0.3671	-0.007	0.0793	0.1534	-0.043	-0.0015	0.128	0.0235	-0.0778	0.321	-0.0358	0.1504	-16.3303	-49.4328	-47.1129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 204
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	205 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	323 - 412
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	413 - 495
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	145 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	207 - 333
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	334 - 430
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	431 - 495
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	3 - 147
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	148 - 206
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	207 - 322
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	323 - 412
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	413 - 495
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-2 - 157
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	158 - 197
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	198 - 357
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	358 - 426
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	427 - 495

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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