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- PDB-5jxt: Crystal structure of MtISWI bound with histone H4 tail -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxt
タイトルCrystal structure of MtISWI bound with histone H4 tail
要素
  • Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
  • Histone H4
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin remodeler / ISWI
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome organization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nucleosome binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / histone binding / protein heterodimerization activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity ...nucleosome organization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nucleosome binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / histone binding / protein heterodimerization activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / NmrA-like domain / NmrA-like family / SANT domain profile. ...: / Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / NmrA-like domain / NmrA-like family / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NmrA-like domain-containing protein / Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
Saitoella complicata NRRL Y-17804 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.009 Å
データ登録者Chen, Z. / Yan, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure and regulation of the chromatin remodeller ISWI
著者: Yan, L. / Wang, L. / Tian, Y. / Xia, X. / Chen, Z.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Derived calculations
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
E: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
F: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
G: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
J: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
N: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
O: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
P: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
R: Histone H4
S: Histone H4
U: Histone H4
C: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
H: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
K: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
L: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
A: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
I: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
D: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
M: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
Q: Histone H4
T: Histone H4
V: Histone H4
W: Histone H4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)649,75023
ポリマ－649,75023
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area105150 Å2
ΔGint-574 kcal/mol
Surface area221890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.240, 119.316, 132.495
Angle α, β, γ (deg.)89.59, 105.96, 93.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein


分子量: 39684.258 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2307364 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2QFM3
#2: タンパク質・ペプチド
Histone H4


分子量: 2114.528 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saitoella complicata NRRL Y-17804 (菌類) / 参照: UniProt: A0A0E9NAT8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→42 Å / Num. obs: 112290 / % possible obs: 94.23 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 7.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000v705aデータ削減
HKL-2000v705aデータスケーリング
PHASERv7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.009→42 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2761 5659 5.04 %
Rwork0.218 --
obs0.221 112290 94.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.009→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40399 0 0 0 40399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00340987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58955123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.93425117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0396106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0094-3.04360.41351220.33952479X-RAY DIFFRACTION66
3.0436-3.07940.37311580.30873485X-RAY DIFFRACTION92
3.0794-3.1170.35172070.29133527X-RAY DIFFRACTION94
3.117-3.15640.38561800.29883591X-RAY DIFFRACTION95
3.1564-3.19790.36111780.2873581X-RAY DIFFRACTION95
3.1979-3.24170.37172170.27013598X-RAY DIFFRACTION96
3.2417-3.2880.33492090.27023606X-RAY DIFFRACTION95
3.288-3.33710.3581530.25533651X-RAY DIFFRACTION96
3.3371-3.38920.32852200.25653644X-RAY DIFFRACTION96
3.3892-3.44470.34891670.26733578X-RAY DIFFRACTION96
3.4447-3.50410.33631660.26743688X-RAY DIFFRACTION96
3.5041-3.56780.33871880.24163616X-RAY DIFFRACTION96
3.5678-3.63640.29081970.2383621X-RAY DIFFRACTION96
3.6364-3.71060.30472120.23463601X-RAY DIFFRACTION96
3.7106-3.79120.28311950.2343651X-RAY DIFFRACTION96
3.7912-3.87930.30942100.22973573X-RAY DIFFRACTION97
3.8793-3.97630.30582070.22173660X-RAY DIFFRACTION96
3.9763-4.08370.27952010.21693594X-RAY DIFFRACTION96
4.0837-4.20380.2781900.21843621X-RAY DIFFRACTION96
4.2038-4.33930.27562390.20333555X-RAY DIFFRACTION95
4.3393-4.49420.26641850.19223611X-RAY DIFFRACTION95
4.4942-4.6740.21951710.18433606X-RAY DIFFRACTION96
4.674-4.88640.23842100.18063618X-RAY DIFFRACTION96
4.8864-5.14360.22181710.19383638X-RAY DIFFRACTION95
5.1436-5.46520.30011910.20973558X-RAY DIFFRACTION95
5.4652-5.88620.26651680.22243592X-RAY DIFFRACTION95
5.8862-6.47670.26671670.21683528X-RAY DIFFRACTION93
6.4767-7.40960.25641910.20993421X-RAY DIFFRACTION91
7.4096-9.3190.22622110.17073612X-RAY DIFFRACTION96
9.319-42.46590.17951780.17843527X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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