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- PDB-5jvt: Crystal structure of the DNA binding domain of transcription fact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jvt
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of transcription factor FLI1 in complex with an 11-mer DNA GACCGGAAGTG
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
  • Friend leukemia integration 1 transcription factor
キーワードtranscription/dna / transcription / DNA binding / cancer / Ewing sarcoma / transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hemostasis / blood circulation / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...hemostasis / blood circulation / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain ...Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Friend leukemia integration 1 transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Endothia gyrosa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hou, C. / Tsodikov, O.V.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structures of mithramycin analogues bound to DNA and implications for targeting transcription factor FLI1.
著者: Hou, C. / Weidenbach, S. / Cano, K.E. / Wang, Z. / Mitra, P. / Ivanov, D.N. / Rohr, J. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Friend leukemia integration 1 transcription factor
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
D: Friend leukemia integration 1 transcription factor
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
G: Friend leukemia integration 1 transcription factor
H: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,60811
ポリマ－56,4219
非ポリマー1872
水362
1
A: Friend leukemia integration 1 transcription factor
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8073
ポリマ－18,8073
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8770 Å2
手法PISA
2
D: Friend leukemia integration 1 transcription factor
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9024
ポリマ－18,8073
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8460 Å2
手法PISA
3
G: Friend leukemia integration 1 transcription factor
H: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8994
ポリマ－18,8073
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.845, 191.845, 87.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ADG

#1: タンパク質 Friend leukemia integration 1 transcription factor / Proto-oncogene Fli-1 / Transcription factor ERGB


分子量: 12098.655 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q01543

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 BEHCFI

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3423.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 3285.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 17757 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E8I

5e8i


解像度: 3.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.814 / ESU R Free: 0.35 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23716 885 5 %RANDOM
Rwork0.19414 ---
obs0.19629 16790 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å2-0.46 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2334 1330 11 2 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0163894
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1281.6165529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14136849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9055279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53623.492126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.54815421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4561518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.274.961125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.274.9571124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2927.4261401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2927.431402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0234.5132768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9924.5012764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8086.7144123
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.71940.3884903
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.71440.3894903
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 61 -
Rwork0.257 1203 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5865-0.842-0.13465.5972-0.13693.19810.36240.2013-0.50380.21540.15390.36420.07230.6572-0.51630.2032-0.0321-0.23460.5065-0.02020.4116139.32766.1427.566
25.43643.1572-0.346.58913.821510.75430.20490.7109-0.8746-0.27430.19630.52260.02610.615-0.40120.31640.2778-0.35150.8184-0.25610.904145.15956.803-4.414
34.00380.7948-3.01945.1201-0.72962.77530.53940.3409-0.8977-1.021-0.61290.2829-0.20860.30460.07340.5550.3264-0.47861.2108-0.49380.9873146.77556.768-3.588
42.61420.46141.6777.81831.13232.78810.53950.4356-0.174-0.45120.0626-0.5106-0.4007-0.0013-0.60210.46730.31150.22840.7941-0.06130.6467177.31874.63611.027
58.52681.1174-0.24814.9247-2.37095.3070.69210.0183-1.3383-0.19560.173-0.26790.3042-0.2742-0.86510.18430.1072-0.36860.8078-0.24110.9146177.59658.55513.246
69.8734-1.3907-4.53798.58110.39042.88820.47821.0679-1.2299-0.5993-0.0238-0.63710.1597-0.4168-0.45440.28770.142-0.5090.9353-0.14971.4442176.44158.512.273
74.3976-1.9626-1.04716.32392.22026.22880.80320.13690.2735-0.40410.1013-0.77-0.27140.0906-0.90450.31680.07070.4170.4547-0.02070.9329175.47792.66728.856
87.5974-0.66540.2835.5159-0.48785.39350.35870.42971.0871-0.3070.034-0.2419-0.43290.1041-0.39280.59970.14080.7290.54970.05411.0946175.877108.85827.337
98.6278-1.98590.51765.3642-2.3573.78140.378-0.30850.8822-0.80030.23-0.5865-0.555-0.0013-0.6080.7285-0.06540.64510.5823-0.08161.2545174.713109.01728.254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A279 - 374
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3C14 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4D279 - 371
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 11
6X-RAY DIFFRACTION6F14 - 24
7X-RAY DIFFRACTION7G279 - 371
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9I14 - 24

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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