PDB-5jv0: Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jv0

タイトル

Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inhibitor CL-08-038

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / Transferase / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / Cholesterol biosynthesis / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Park, J. / Leung, C.Y. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Pharmacophore Mapping of Thienopyrimidine-Based Monophosphonate (ThP-MP) Inhibitors of the Human Farnesyl Pyrophosphate Synthase.
著者: Park, J. / Leung, C.Y. / Matralis, A.N. / Lacbay, C.M. / Tsakos, M. / Fernandez De Troconiz, G. / Berghuis, A.M. / Tsantrizos, Y.S.

履歴

登録	2016年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jv0.cif.gz	160.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jv0.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jv0_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jv0_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5jv0_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5jv0_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5juzC 5jv1C 5jv2C 5ksxC 4qxsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5djv-1 5dgn-1 4xqt-1 5dgs-1 3n1w-1 5djr-1 3n6k-1 5ksx-1 2f7m-1 3n5h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.540, 111.540, 75.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-YL5 / [(1R)-2-(3-fluorophenyl)-1-{[6-(4-methylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}ethyl]phosphonic acid 分子量: 443.431 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉FN₃O₃PS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.85 M lithium sulfate, 0.425 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M tri-sodium citrate, pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→41.7 Å / Num. obs: 17150 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 36.381 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 31.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 52.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0123	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4QXS

4qxs

解像度: 2.4→41.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 19.642 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23504	863	5 %	RANDOM
R_work	0.17636	-	-	-
obs	0.17936	16251	88.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.403 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→41.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2701	0	100	111	2912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.02	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.132	2.006	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.191	3.006	6070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.671	5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.168	24.593	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.397	15	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.924	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.533	2.877	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.524	2.875	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.49	4.307	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.492	4.309	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.437	3.44	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.437	3.446	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.665	5.106	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.672	27.123	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.672	27.146	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.396→2.458 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	38	-
R_work	0.301	687	-
obs	-	-	51.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.542	1.1912	-5.8484	6.1084	-1.8203	12.3263	-0.3152	0.962	0.0297	-0.6318	0.4727	0.4292	0.5817	-1.0024	-0.1575	0.2264	-0.0849	-0.1806	0.3217	-0.0532	0.2362	1.9993	82.2631	9.5443
2	7.1879	0.3638	-4.1479	1.6743	0.0109	4.7093	0.0512	0.69	-0.2007	-0.355	0.0535	0.3761	-0.0061	-0.7207	-0.1047	0.1346	-0.0577	-0.0847	0.1555	0.0161	0.1294	5.6244	84.2324	12.988
3	7.2104	-2.086	-0.6115	2.8608	-0.7824	1.9939	-0.0848	0.2255	-0.3553	-0.2562	0.0663	0.2006	0.3014	-0.3172	0.0185	0.0868	-0.0619	-0.0034	0.0605	-0.0107	0.0224	13.3525	83.2497	15.4707
4	10.5912	-5.1876	4.7884	6.7453	-4.6686	5.5969	-0.0026	-0.4161	0.1473	0.0284	0.0686	0.046	-0.1154	-0.0888	-0.0659	0.0537	-0.027	0.0384	0.0543	-0.0256	0.0321	12.6888	92.7339	25.5501
5	5.3684	-1.09	1.1517	4.6714	-2.7547	4.0859	0.075	-0.4985	-0.6396	0.2643	-0.2955	-0.3045	0.3061	0.6242	0.2205	0.1494	0.0187	0.0218	0.3536	0.1366	0.1725	13.4266	77.5116	37.5867
6	5.4723	-3.8217	2.5527	5.1621	-3.8309	3.5947	0.143	-0.3445	-0.77	0.0554	-0.104	0.3788	0.3895	0.1975	-0.039	0.2944	0.0161	0.0859	0.2643	0.0945	0.2668	3.5842	73.9701	40.2753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	F	8 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	35 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	77 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	148 - 179
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	182 - 293
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	294 - 350

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