[日本語] English
万見
- PDB-5jsg: Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML405 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jsg
タイトルCrystal structure of Spindlin1 bound to compound EML405
要素Spindlin-1
キーワードCELL CYCLE / SH3-like / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/Ssty / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6P9 / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Su, X. / Li, H.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Developing Spindlin1 small-molecule inhibitors by using protein microarrays
著者: Bae, N. / Viviano, M. / Su, X. / Lv, J. / Cheng, D. / Sagum, C. / Castellano, S. / Bai, X. / Johnson, C. / Khalil, M.I. / Shen, J. / Chen, K. / Li, H. / Sbardella, G. / Bedford, M.T.
履歴
登録2016年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
B: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2867
ポリマ－51,0192
非ポリマー1,2675
水2,036113
1
A: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1554
ポリマ－25,5101
非ポリマー6463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
2
B: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1313
ポリマ－25,5101
非ポリマー6212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.060, 123.908, 49.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25509.748 Da / 分子数: 2 / 断片: Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / プラスミド: RSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: 化合物 ChemComp-6P9 / [2-(phenylamino)-1,4-phenylene]bis({4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]piperidin-1-yl}methanone)


分子量: 585.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H51N5O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 % / Mosaicity: 0.893 ° / Mosaicity esd: 0.019 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 20% PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 18249 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.73 / Net I/av σ(I): 13.517 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 64262
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.563.50.834199.7
2.56-2.623.60.774199.6
2.62-2.693.50.63199.8
2.69-2.773.50.5451100
2.77-2.863.50.4541100
2.86-2.963.50.34199.9
2.96-3.083.60.263199.9
3.08-3.223.60.1971100
3.22-3.393.60.155199.8
3.39-3.613.50.122199.6
3.61-3.883.50.104199.9
3.88-4.273.50.084199.5
4.27-4.893.40.067199.4
4.89-6.163.40.052199.6
6.16-503.50.049198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155: ???精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.5→38.786 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 1841 10.11 %Random selection
Rwork0.186 ---
obs0.192 18213 99.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.05 Å2 / Biso mean: 40.6098 Å2 / Biso min: 12.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→38.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3141 0 89 113 3343
Biso mean--40.52 37.8 -
残基数----388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5384481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3981969
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4848-2.5520.31861190.26611172129193
2.552-2.62710.35081330.2471274140799
2.6271-2.71190.28721590.225512551414100
2.7119-2.80880.30491220.235312861408100
2.8088-2.92120.30711210.223412871408100
2.9212-3.05410.28271550.20212451400100
3.0541-3.2150.29931370.194112601397100
3.215-3.41630.26271400.17961265140599
3.4163-3.67990.24741790.171912341413100
3.6799-4.04990.21791530.166212671420100
4.0499-4.63510.18821400.14761261140199
4.6351-5.83660.18631390.159112801419100
5.8366-38.79050.23811440.19211286143099

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る