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- PDB-5jsd: Crystal structure of phiAB6 tailspike in complex with five-repeat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jsd
タイトルCrystal structure of phiAB6 tailspike in complex with five-repeated oligosaccharides of Acinetobacter baumannii surface polysaccharide
要素phiAB6 tailspike
キーワードVIRAL PROTEIN / viral tailspike / beta-helix / superhelical trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase superfamily protein / Pectate lyase superfamily protein / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / MALONIC ACID / Tail fiber
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified phage (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Lee, I.M. / Tu, I.F. / Huang, K.F. / Wu, S.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology and Academia SinicaNSC101-2923-B-001-005-MY3, MOST104-2325-B-001-003, NSC-101-2319-B-001-003, and MOST105-0210-01-12-01 台湾
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for fragmenting the exopolysaccharide of Acinetobacter baumannii by bacteriophage Phi AB6 tailspike protein
著者: Lee, I.M. / Tu, I.F. / Yang, F.L. / Ko, T.P. / Liao, J.H. / Lin, N.T. / Wu, C.Y. / Ren, C.T. / Wang, A.H. / Chang, C.M. / Huang, K.F. / Wu, S.H.
履歴
登録2016年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年11月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / refine / refine_ls_shell / reflns / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _reflns.d_resolution_low
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phiAB6 tailspike
B: phiAB6 tailspike
C: phiAB6 tailspike
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,67124
ポリマ－235,2703
非ポリマー8,40121
水51,9372883
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45620 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area51830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.805, 78.393, 247.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1554-

HOH

21B-1644-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 phiAB6 tailspike


分子量: 78423.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified phage (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A159BDB5*PLUS

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[5,7-bisacetamido-3,5,7,9- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[5,7-bisacetamido-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-beta-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1467.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,8,7/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*N][a2122h-1b_1-5][Aad22111m-2a_2-6_5*NCC/3=O_7*NCC/3=O]/1-2-1-2-1-3-4-3/a3-b1_a6-h1_b3-c1_c3-d1_c6-f1_d3-e1_f6-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpN]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpN]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}[(6+1)][b-D-Glcp]{[(6+2)]{}}}}[(6+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3) ...beta-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 988.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-6DGalpb1-3DGalpNb1-3[DGlcpb1-6]DGalpb1-3DGalpNb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2112h-1b_1-5_2*N][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-1-2-3-3/a3-b1_b3-c1_b6-f1_c3-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpN]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpN]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(6+1)][b-D-Glcp]{}}}[(6+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 2898分子

#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE DNA AND PROTEIN SEQUENCES HAVE BEEN DEPOSITED IN GENBACK WITH A ACCESSION ...AUTHORS STATE THAT THE DNA AND PROTEIN SEQUENCES HAVE BEEN DEPOSITED IN GENBACK WITH A ACCESSION NUMBER OF KT339321.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 % / 解説: rhombus-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.0 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→20 Å / Num. obs: 399721 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.187 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 18826 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.144 354372 87.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12564 0 558 2883 16005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.97218282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.041328089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54151647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0824.767579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.826152007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4671545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5821.4026597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5771.46589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6712.1028220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.6712.1028221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8691.6616854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8711.6616855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8942.6310059
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.73815.09818230
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.54614.56517624
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.626325574
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.7065685
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.228527458
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 734 -
Rwork0.211 13721 -
obs--46.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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