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- PDB-5jrw: Crystal structure of Thermotoga maritima mutant D89R/D253R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jrw
タイトルCrystal structure of Thermotoga maritima mutant D89R/D253R
要素Cobalt/magnesium transport protein CorA
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kowatz, T. / Maguire, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM099665-04 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Thermotoga maritima mutant D89R/D253R
著者: Kowatz, T. / Maguire, M.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Other
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobalt/magnesium transport protein CorA
B: Cobalt/magnesium transport protein CorA
C: Cobalt/magnesium transport protein CorA
D: Cobalt/magnesium transport protein CorA
E: Cobalt/magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,74611
ポリマ－220,6005
非ポリマー1466
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24780 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area69180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.671, 134.808, 177.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA17 - 34939 - 371
21LEULEUBB17 - 34939 - 371
12LEULEUAA17 - 34839 - 370
22LEULEUCC17 - 34839 - 370
13LEULEUAA17 - 34839 - 370
23LEULEUDD17 - 34839 - 370
14LEULEUAA17 - 34839 - 370
24LEULEUEE17 - 34839 - 370
15LEULEUBB17 - 34839 - 370
25LEULEUCC17 - 34839 - 370
16LEULEUBB17 - 34839 - 370
26LEULEUDD17 - 34839 - 370
17LEULEUBB17 - 34839 - 370
27LEULEUEE17 - 34839 - 370
18THRTHRCC16 - 34838 - 370
28THRTHRDD16 - 34838 - 370
19THRTHRCC16 - 34838 - 370
29THRTHREE16 - 34838 - 370
110LEULEUDD12 - 34934 - 371
210LEULEUEE12 - 34934 - 371

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

#1: タンパク質
Cobalt/magnesium transport protein CorA


分子量: 44119.957 Da / 分子数: 5 / 変異: D89R, D253R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: corA, TM_0561 / プラスミド: pET-15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q9WZ31
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 25% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49 Å / Num. obs: 51552 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.409 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I0U

4i0u


解像度: 3.3→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 56.502 / SU ML: 0.418 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.54 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27413 1979 4.5 %RANDOM
Rwork0.23665 ---
obs0.23835 41660 95.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 147.145 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14018 0 6 2 14026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01914332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0214059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.96919425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.857332288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.81851671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.65423.333690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.333152652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.50615115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.59110.6846699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.58810.6846698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.40816.0358365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.40816.0358366
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.74611.5827633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.74511.5837634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.70517.07811061
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.64859555
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.64859556
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A204870.14
12B204870.14
21A203440.14
22C203440.14
31A203020.15
32D203020.15
41A207970.13
42E207970.13
51B206170.13
52C206170.13
61B202600.15
62D202600.15
71B209270.13
72E209270.13
81C201680.15
82D201680.15
91C206730.13
92E206730.13
101D205730.14
102E205730.14
LS精密化 シェル解像度: 3.293→3.378 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 135 -
Rwork0.335 2566 -
obs--81.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9567-0.32130.26410.83130.12980.91360.0209-0.34780.0170.58730.0816-0.16720.05030.2241-0.10240.44810.0201-0.15030.0939-0.01690.112112.7435-6.9853-14.4387
21.6694-1.0937-0.59751.2950.53590.94570.09350.04120.0520.21150.078-0.17450.1364-0.0152-0.17150.27280.029-0.01950.0238-0.01610.18334.8161-23.4807-32.925
32.4194-1.0236-1.86570.8770.96452.87190.14880.14240.1564-0.00370.1158-0.07220.0141-0.1227-0.26460.26170.01660.03750.07970.02690.1229-3.9731-9.4562-53.9858
42.92761.2069-1.55232.823-0.951.56690.1474-0.46180.04550.379-0.1372-0.6087-0.34040.2255-0.01020.42750.0112-0.03960.0817-0.03790.24229.43317.9586-23.4538
51.13270.3438-0.50951.6765-0.4750.8292-0.2254-0.2233-0.0844-0.54220.0577-0.36410.20260.140.16770.48480.03090.20830.06340.00020.1609-0.944916.6772-47.7552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 349
3X-RAY DIFFRACTION3C17 - 349
4X-RAY DIFFRACTION4D17 - 349
5X-RAY DIFFRACTION5E17 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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