PDB-5jre: Crystal structure of NeC3PO in complex with ssDNA.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jre

タイトル

Crystal structure of NeC3PO in complex with ssDNA.

要素

NEQ131
ssDNA

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / C3PO / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nanoarchaeum equitans (古細菌)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gan, J. / Zhang, J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for single-stranded RNA recognition and cleavage by C3PO
著者: Zhang, J. / Liu, H. / Yao, Q. / Yu, X. / Chen, Y. / Cui, R. / Wu, B. / Zheng, L. / Zuo, J. / Huang, Z. / Ma, J. / Gan, J.

履歴

登録	2016年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jre.cif.gz	642 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jre.ent.gz	525.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jre_validation.pdf.gz	558.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jre_full_validation.pdf.gz	570.4 KB	表示
XML形式データ	5jre_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	5jre_validation.cif.gz	73.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jr9C 5jrcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jrc-1 5jr9-d 3zc1-d 3zc0-2 3pja-2 3zc0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NEQ131

B: NEQ131

C: NEQ131

D: NEQ131

E: NEQ131

F: NEQ131

G: NEQ131

H: NEQ131

I: ssDNA

J: ssDNA

ヘテロ分子

212 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.830, 128.200, 102.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	TRP	TRP	A	A	0 - 182	34 - 216
2	1	SER	SER	TRP	TRP	B	B	0 - 182	34 - 216
1	2	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 183	34 - 217
2	2	SER	SER	LYS	LYS	C	C	0 - 183	34 - 217
1	3	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 183	34 - 217
2	3	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
1	4	GLY	GLY	SER	SER	A	A	-1 - 184	33 - 218
2	4	GLY	GLY	SER	SER	E	E	-1 - 184	33 - 218
1	5	SER	SER	TRP	TRP	A	A	0 - 182	34 - 216
2	5	SER	SER	TRP	TRP	F	F	0 - 182	34 - 216
1	6	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 183	34 - 217
2	6	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 183	34 - 217
1	7	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 183	34 - 217
2	7	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217
1	8	SER	SER	TRP	TRP	B	B	0 - 182	34 - 216
2	8	SER	SER	TRP	TRP	C	C	0 - 182	34 - 216
1	9	SER	SER	TRP	TRP	B	B	0 - 182	34 - 216
2	9	SER	SER	TRP	TRP	D	D	0 - 182	34 - 216
1	10	SER	SER	TRP	TRP	B	B	0 - 182	34 - 216
2	10	SER	SER	TRP	TRP	E	E	0 - 182	34 - 216
1	11	SER	SER	LYS	LYS	B	B	0 - 183	34 - 217
2	11	SER	SER	LYS	LYS	F	F	0 - 183	34 - 217
1	12	SER	SER	TRP	TRP	B	B	0 - 182	34 - 216
2	12	SER	SER	TRP	TRP	G	G	0 - 182	34 - 216
1	13	SER	SER	TRP	TRP	B	B	0 - 182	34 - 216
2	13	SER	SER	TRP	TRP	H	H	0 - 182	34 - 216
1	14	SER	SER	LYS	LYS	C	C	0 - 183	34 - 217
2	14	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
1	15	SER	SER	LYS	LYS	C	C	0 - 183	34 - 217
2	15	SER	SER	LYS	LYS	E	E	0 - 183	34 - 217
1	16	SER	SER	TRP	TRP	C	C	0 - 182	34 - 216
2	16	SER	SER	TRP	TRP	F	F	0 - 182	34 - 216
1	17	SER	SER	LYS	LYS	C	C	0 - 185	34 - 219
2	17	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 185	34 - 219
1	18	SER	SER	LYS	LYS	C	C	0 - 183	34 - 217
2	18	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217
1	19	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
2	19	SER	SER	LYS	LYS	E	E	0 - 183	34 - 217
1	20	SER	SER	TRP	TRP	D	D	0 - 182	34 - 216
2	20	SER	SER	TRP	TRP	F	F	0 - 182	34 - 216
1	21	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
2	21	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 183	34 - 217
1	22	SER	SER	SER	SER	D	D	0 - 184	34 - 218
2	22	SER	SER	SER	SER	H	H	0 - 184	34 - 218
1	23	SER	SER	TRP	TRP	E	E	0 - 182	34 - 216
2	23	SER	SER	TRP	TRP	F	F	0 - 182	34 - 216
1	24	SER	SER	LYS	LYS	E	E	0 - 183	34 - 217
2	24	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 183	34 - 217
1	25	SER	SER	LYS	LYS	E	E	0 - 183	34 - 217
2	25	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217
1	26	SER	SER	TRP	TRP	F	F	0 - 182	34 - 216
2	26	SER	SER	TRP	TRP	G	G	0 - 182	34 - 216
1	27	SER	SER	TRP	TRP	F	F	0 - 182	34 - 216
2	27	SER	SER	TRP	TRP	H	H	0 - 182	34 - 216
1	28	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 183	34 - 217
2	28	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	NEQ131 分子量: 25609.469 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌) 株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9
#2: DNA鎖	ssDNA 分子量: 3087.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-ADZ / 9-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE / 9-メチルアデニン分子量: 149.153 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇N₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 300, 0.1 M citric acid pH 4.2, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 137238 / % possible obs: 10.8 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 11.318 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	7234	5 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.218	137238	97.9 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.57 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12247	131	83	348	12809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	12693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	12294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.127	1.975	17079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.249	3	28381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.825	5	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.339	25.122	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.064	15	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.506	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.496	3	24987
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	42.212	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	15.539	5	24979

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11365	0.07
1	2	B	11365	0.07
2	1	A	11612	0.08
2	2	C	11612	0.08
3	1	A	11456	0.09
3	2	D	11456	0.09
4	1	A	11923	0.07
4	2	E	11923	0.07
5	1	A	11455	0.08
5	2	F	11455	0.08
6	1	A	11540	0.1
6	2	G	11540	0.1
7	1	A	11504	0.1
7	2	H	11504	0.1
8	1	B	11326	0.09
8	2	C	11326	0.09
9	1	B	11428	0.08
9	2	D	11428	0.08
10	1	B	11545	0.08
10	2	E	11545	0.08
11	1	B	11793	0.07
11	2	F	11793	0.07
12	1	B	11174	0.11
12	2	G	11174	0.11
13	1	B	11343	0.1
13	2	H	11343	0.1
14	1	C	11476	0.1
14	2	D	11476	0.1
15	1	C	11619	0.09
15	2	E	11619	0.09
16	1	C	11336	0.09
16	2	F	11336	0.09
17	1	C	11792	0.08
17	2	G	11792	0.08
18	1	C	11451	0.11
18	2	H	11451	0.11
19	1	D	11573	0.09
19	2	E	11573	0.09
20	1	D	11608	0.09
20	2	F	11608	0.09
21	1	D	11471	0.11
21	2	G	11471	0.11
22	1	D	12022	0.08
22	2	H	12022	0.08
23	1	E	11540	0.09
23	2	F	11540	0.09
24	1	E	11574	0.09
24	2	G	11574	0.09
25	1	E	11583	0.1
25	2	H	11583	0.1
26	1	F	11445	0.1
26	2	G	11445	0.1
27	1	F	11501	0.1
27	2	H	11501	0.1
28	1	G	11493	0.11
28	2	H	11493	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	529	-
R_work	0.272	9861	-
obs	-	-	96.03 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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