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- PDB-5jrc: Crystal structure of NeC3PO in complex with ssRNA. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jrc
タイトルCrystal structure of NeC3PO in complex with ssRNA.
要素
  • (NEQ131) x 2
  • ssRNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / C3PO / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2140 / Translin family / Translin superfamily / Translin family / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nanoarchaeum equitans (古細菌)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, J. / Gan, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for single-stranded RNA recognition and cleavage by C3PO
著者: Zhang, J. / Liu, H. / Yao, Q. / Yu, X. / Chen, Y. / Cui, R. / Wu, B. / Zheng, L. / Zuo, J. / Huang, Z. / Ma, J. / Gan, J.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEQ131
B: NEQ131
C: NEQ131
D: NEQ131
E: ssRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,62710
ポリマ－105,4275
非ポリマー2005
水3,927218
1
A: NEQ131
B: NEQ131
C: NEQ131
D: NEQ131
E: ssRNA
ヘテロ分子

A: NEQ131
B: NEQ131
C: NEQ131
D: NEQ131
E: ssRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,25420
ポリマ－210,85310
非ポリマー40110
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area37210 Å2
ΔGint-286 kcal/mol
Surface area55460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.416, 77.648, 87.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-323-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA0 - 18334 - 217
21BB0 - 18334 - 217
12AA0 - 18534 - 219
22CC0 - 18534 - 219
13AA0 - 18334 - 217
23DD0 - 18334 - 217
14BB0 - 18334 - 217
24CC0 - 18334 - 217
15BB0 - 18334 - 217
25DD0 - 18334 - 217
16CC0 - 18334 - 217
26DD0 - 18334 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 NEQ131


分子量: 25609.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌)
株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9
#2: タンパク質 NEQ131


分子量: 25480.289 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌)
株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9
#3: RNA鎖 ssRNA


分子量: 3247.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 100 mM imidazole/HCl pH 8.0, 200 mM Ca(OAc)2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 71365 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 16.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.505 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22983 3784 5 %RANDOM
Rwork0.20563 ---
obs0.20688 71365 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å2-0 Å2-1.46 Å2
2--4.2 Å20 Å2
3----2.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6190 133 5 218 6546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1611.9798715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.194314498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8545749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17425.235298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.984151304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2731527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.144312724
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.039562
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.153512759
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A116690.1
12B116690.1
21A115600.13
22C115600.13
31A115720.13
32D115720.13
41B112500.13
42C112500.13
51B116480.12
52D116480.12
61C111050.16
62D111050.16
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 272 -
Rwork0.353 5077 -
obs--94.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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