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- PDB-5jra: Nitric oxide complex of the L16V mutant of cytochrome c prime fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jra
タイトルNitric oxide complex of the L16V mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans
要素Cytochrome c'
キーワードELECTRON TRANSPORT / gas sensor cytochrome nitric oxide
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c prime / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c, class II / Cytochrome C' / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / HEME C / NITRIC OXIDE / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Kekilli, D. / Strange, R.W. / Hough, M.A.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Engineering proximal vs. distal heme-NO coordination via dinitrosyl dynamics: implications for NO sensor design.
著者: Kekilli, D. / Petersen, C.A. / Pixton, D.A. / Ghafoor, D.D. / Abdullah, G.H. / Dworkowski, F.S.N. / Wilson, M.T. / Heyes, D.J. / Hardman, S.J.O. / Murphy, L.M. / Strange, R.W. / Scrutton, N.S. ...著者: Kekilli, D. / Petersen, C.A. / Pixton, D.A. / Ghafoor, D.D. / Abdullah, G.H. / Dworkowski, F.S.N. / Wilson, M.T. / Heyes, D.J. / Hardman, S.J.O. / Murphy, L.M. / Strange, R.W. / Scrutton, N.S. / Andrew, C.R. / Hough, M.A.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4095
ポリマ－13,4881
非ポリマー9214
水2,486138
1
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子

A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,81810
ポリマ－26,9762
非ポリマー1,8418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area5240 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.199, 53.199, 180.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-432-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome c'


分子量: 13488.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
プラスミド: pet26b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00138
#3: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / アスコルビン酸


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM

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非ポリマー , 4種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.2M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月3日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→46.072 Å / Num. obs: 32339 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.051 / Net I/av σ(I): 6.87 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.38-1.456.80.74411100
1.45-1.547.60.3612.11100
1.54-1.657.80.223.51100
1.65-1.787.50.1574.81100
1.78-1.958.10.0937.71100
1.95-2.188.10.06710.21100
2.18-2.527.40.05512.31100
2.52-3.0980.04614.11100
3.09-4.367.50.03717.11100
4.36-46.0726.80.0311.81100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YLI

2yli


解像度: 1.38→46.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.409 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0574 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.052
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1858 1633 5.1 %RANDOM
Rwork0.1626 ---
obs0.1637 30600 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.34 Å2 / Biso mean: 24.331 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数948 0 70 139 1157
Biso mean--24.96 33.69 -
残基数----126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3662.0681554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.85132409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1055145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9242546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.54615177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.861155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8052.182546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7252.175543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4853.284689
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.65932168
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.824522
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.66152250
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 107 -
Rwork0.251 2201 -
all-2308 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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