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- PDB-5jpl: LP2006, a handcuff-topology lasso peptide antibiotic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jpl
タイトルLP2006, a handcuff-topology lasso peptide antibiotic
要素Uncharacterized protein
キーワードANTIBIOTIC / lasso peptide / RiPP / antibiotic macrocyclic
機能・相同性Lasso RiPP family leader peptide-containing protein
機能・相同性情報
生物種Nocardiopsis alba (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tietz, J.I. / Schwalen, C.J. / Blair, P.M. / Zakai, U.I. / Mitchell, D.A.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A new genome-mining tool redefines the lasso peptide biosynthetic landscape.
著者: Tietz, J.I. / Schwalen, C.J. / Patel, P.S. / Maxson, T. / Blair, P.M. / Tai, H.C. / Zakai, U.I. / Mitchell, D.A.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 2.02022年11月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0271
ポリマ－2,0271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1730 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein


分子量: 2027.247 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-46 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nocardiopsis alba (strain ATCC BAA-2165 / BE74) (バクテリア)
Plasmid details: USDA-ARS NRRL Collection / 株: ATCC BAA-2165 / BE74 / 参照: UniProt: J7LF03
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic11H
121anisotropic12D 1H-1H NOESY
131anisotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141anisotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151anisotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 5 mM LP2006, methanol / 詳細: Natural product dissolved in CD3OH. / Label: CD3OH_sample / 溶媒系: methanol
試料濃度: 5 mM / 構成要素: LP2006 / Isotopic labeling: none
試料状態詳細: room temperature / イオン強度: 1 Not defined / Label: conditions / pH: 7 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz
詳細: inverse 5 mm TCI cryogenic probe with z-axis pulsed field gradient (pfg) capability

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH2.36Charles Schwieters, Marius Clore (NIH)精密化
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
MestReNova8.1.1Mestrelab Researchchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XPLOR-NIH2.36Charles Schwieters, Marius Clore (NIH)structure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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