PDB-5jpi: 2.15 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jpi

タイトル

2.15 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with D-Eritadenine and NAD

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / S-adenosylhomocysteinase / D-Eritadenine / NAD / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.15 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with D-Eritadenine and NAD.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Other
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jpi.cif.gz	815.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jpi.ent.gz	676.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jpi_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jpi_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	5jpi_validation.xml.gz	81.7 KB	表示
CIF形式データ	5jpi_validation.cif.gz	118 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/5jpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/5jpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hm8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tls-d 5hm8-2 5jxw-d 5hm8-1 5utu-2 5utu-1 5tj9-d 5t8k-d 1v8b-d 3onf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp95479

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.847, 121.218, 178.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 56200.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd3_80 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase

分子量: 56200.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd3_80 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 9種, 1248分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-DEA / D-ERITADENINE / エリタデニン分子量: 253.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁N₅O₄ / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein: 7.9 MG/ML, 0.5M SODIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS HCL (PH 8.3), DEA; Screen: JCSG+ (A11), 0.2M Ammonium phosphate, 0.1M TRIS-HCL (pH 8.5), 50% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月14日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 136687 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.1 Å² / CC_1/2: 0.887 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HM8

5hm8

解像度: 2.15→29.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 8.386 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18125	6830	5 %	RANDOM
R_work	0.14219	-	-	-
obs	0.14415	129766	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.237 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15562	0	330	1223	17115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	16503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	16022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.995	22325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	37036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.143	5	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.76	25.187	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.403	15	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.828	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	18357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.669	2.638	8069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.667	2.637	8067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.769	3.943	10141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.769	3.943	10142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.21	2.98	8434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.21	2.98	8434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.557	4.333	12185
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.712	22.501	20118
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.711	22.504	20119
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	499	-
R_work	0.218	9361	-
obs	-	-	99.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7771	0.0019	0.053	0.9926	0.2016	1.2468	0.0643	0.1357	0.1595	-0.1319	-0.0327	0.0901	-0.222	-0.2449	-0.0317	0.1127	0.0757	0.0174	0.0829	0.0555	0.1048	19.3625	-18.804	-30.4132
2	0.5307	-0.1518	-0.0457	0.7125	-0.0826	0.6002	0.0567	0.0861	-0.029	-0.0494	-0.0135	0.1119	-0.0222	-0.1427	-0.0432	0.0133	0.0164	-0.0084	0.0795	0.0042	0.0576	19.9334	-38.9487	-24.6276
3	1.5778	-0.6242	-0.0738	0.3618	-0.0601	0.5216	0.1281	0.2474	0.0835	-0.1563	-0.0734	-0.1293	-0.1673	-0.0919	-0.0547	0.3161	0.0252	0.0694	0.2381	0.0192	0.2188	42.3711	-30.5888	-41.511
4	1.6509	0.1205	-0.1633	0.6739	-0.0286	1.2757	0.1116	0.1575	-0.1132	-0.1089	-0.0318	-0.1426	0.1464	0.1111	-0.0798	0.1342	0.0433	-0.0044	0.0722	-0.07	0.124	55.4671	-67.4491	-48.1985
5	0.292	0	0.0837	0.3768	0.1522	0.5121	0.0426	0.0627	0.0213	-0.0629	0.0395	-0.1252	0.0216	0.0603	-0.082	0.0339	0.0167	0.0092	0.0596	-0.0445	0.0884	57.9433	-52.426	-36.0084
6	0.7801	-0.1615	-0.6775	0.7776	0.1125	1.0483	0.0613	0.1937	-0.0691	-0.1829	-0.0998	0.075	0.0531	-0.1392	0.0385	0.0922	0.0093	-0.0429	0.1103	-0.033	0.0511	29.8742	-53.7126	-42.3085
7	0.9704	0.2575	0.0436	1.4871	0.2175	0.8588	0.0469	-0.1646	0.1192	0.1402	0.0197	0.1036	-0.0155	-0.1095	-0.0666	0.027	0.019	0.0314	0.0762	0.0073	0.0626	24.2407	-33.8924	18.2639
8	0.5439	0.0247	-0.1472	0.3294	0.1421	0.6752	0.0278	-0.0826	0.0847	0.0229	0.0501	-0.0371	-0.0003	0.025	-0.0779	0.0207	0.0071	-0.0035	0.0256	-0.018	0.0796	40.9002	-32.1321	6.6186
9	0.4143	0.0301	-0.1054	0.8842	0.9596	1.3787	-0.031	-0.1729	-0.1296	0.2001	0.0633	0.0089	0.2482	-0.0565	-0.0323	0.2242	0.0102	-0.0248	0.1982	0.083	0.2028	36.322	-60.2459	12.9689
10	1.0936	0.2377	0.0276	1.4221	0.1499	1.1847	0.0275	-0.048	-0.3432	0.1232	0.0725	-0.1422	0.4231	0.1949	-0.1	0.2173	0.121	-0.0987	0.08	-0.025	0.2732	68.3524	-76.8379	1.8443
11	0.9237	-0.1295	0.316	0.4366	0.0143	0.8798	0.0532	-0.0232	-0.2318	0.0531	0.0257	0.0127	0.2405	0.023	-0.0788	0.1473	0.0159	-0.0517	0.0044	-0.0068	0.1468	48.5092	-69.6313	-5.8285
12	0.7158	-0.3045	-0.0893	1.3958	-0.0538	0.4175	-0.0414	-0.2209	0.0367	0.2504	0.066	-0.1678	0.1187	0.1252	-0.0247	0.1001	0.0431	-0.0714	0.1295	-0.0478	0.1132	59.7165	-49.4324	11.3048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 429
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	430 - 495
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	176 - 436
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	437 - 495
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 168
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	169 - 436
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	437 - 495
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 200
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	201 - 433
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	434 - 495

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)