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万見
- PDB-5jpa: Hexameric HIV-1 CA H12Y mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jpa
タイトルHexameric HIV-1 CA H12Y mutant
要素Capsid Protein P24
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jacques, D.A. / James, L.C.
資金援助 英国, オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)UK; U105181010 英国
European Research Council291627 -IAI 英国
National Health and Medical Research CouncilGNT1036521 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: HIV-1 uses dynamic capsid pores to import nucleotides and fuel encapsidated DNA synthesis.
著者: Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Hilditch, L. / Price, A.J. / Towers, G.J. / James, L.C.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid Protein P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4861
ポリマ－25,4861
非ポリマー00
水2,216123
1
A: Capsid Protein P24
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,9186
ポリマ－152,9186
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_435-y-1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_645-x+y+1,-x-1,z1
crystal symmetry operation4_535-x,-y-2,z1
crystal symmetry operation5_655y+1,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_445x-y-1,x-1,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area59600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.600, 90.600, 56.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Capsid Protein P24


分子量: 25486.301 Da / 分子数: 1 / 変異: H12Y, A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P12493
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 550MME (12% w/v), KSCN (0.15M), 0.1M TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→56.93 Å / Num. obs: 27756 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 133997 / Scaling rejects: 80
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.734.90.813194.7
9-56.935.70.063192

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.6 Å56.93 Å
Translation5.6 Å56.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.4.10データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H47

3h47


解像度: 1.7→56.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.212 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1379 5 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.199 26370 94.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.18 Å2 / Biso mean: 27.491 Å2 / Biso min: 12.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→56.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1609 0 0 123 1732
Biso mean---33.6 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0091.9612350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84333813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.835220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.61924.93375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.515299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2251511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1943.349871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1843.345870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4055.6131091
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 81 -
Rwork0.265 1949 -
all-2030 -
obs--93.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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