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- PDB-5joo: XFEL structure of influenza A M2 wild type TM domain at low pH in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5joo
タイトルXFEL structure of influenza A M2 wild type TM domain at low pH in the lipidic cubic phase at room temperature
要素Matrix protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN / XFEL / influenza / proton channel / room temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.413 Å
データ登録者Thomaston, J.L. / Woldeyes, R.A. / Fraser, J.S. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM056423 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: XFEL structures of the influenza M2 proton channel: Room temperature water networks and insights into proton conduction.
著者: Thomaston, J.L. / Woldeyes, R.A. / Nakane, T. / Yamashita, A. / Tanaka, T. / Koiwai, K. / Brewster, A.S. / Barad, B.A. / Chen, Y. / Lemmin, T. / Uervirojnangkoorn, M. / Arima, T. / Kobayashi, ...著者: Thomaston, J.L. / Woldeyes, R.A. / Nakane, T. / Yamashita, A. / Tanaka, T. / Koiwai, K. / Brewster, A.S. / Barad, B.A. / Chen, Y. / Lemmin, T. / Uervirojnangkoorn, M. / Arima, T. / Kobayashi, J. / Masuda, T. / Suzuki, M. / Sugahara, M. / Sauter, N.K. / Tanaka, R. / Nureki, O. / Tono, K. / Joti, Y. / Nango, E. / Iwata, S. / Yumoto, F. / Fraser, J.S. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2016年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62023年9月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8704
ポリマ－2,7541
非ポリマー1163
水45025
1
A: Matrix protein 2
ヘテロ分子

A: Matrix protein 2
ヘテロ分子

A: Matrix protein 2
ヘテロ分子

A: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,48016
ポリマ－11,0174
非ポリマー46212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area6990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.051, 30.051, 67.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

CL

21A-103-

CA

31A-214-

HOH

41A-218-

HOH

51A-220-

HOH

61A-221-

HOH

71A-225-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Matrix protein 2


分子量: 2754.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/Hickox/1940(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q0HD59
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 5.5, 44% PEG 400, monoolein, octyl glucoside

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.1587 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→27.45 Å / Num. obs: 5922 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 622.87 % / CC1/2: 0.954 / Rmerge(I) obs: 0.6776 / Rsym value: 0.1172 / Net I/σ(I): 4.81
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 177.22 % / Rmerge(I) obs: 0.9858 / Mean I/σ(I) obs: 0.15 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.primeデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QKM

4qkm


解像度: 1.413→21.249 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 555 10.28 %
Rwork0.2043 --
obs0.2077 5401 94.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.413→21.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数196 0 3 25 224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.622273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.11169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4135-1.55570.34191190.3396961X-RAY DIFFRACTION76
1.5557-1.78070.30941420.27861289X-RAY DIFFRACTION100
1.7807-2.24310.20271460.18371291X-RAY DIFFRACTION100
2.2431-21.25190.22181480.17831305X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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