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- PDB-5jmb: The Crystal structure of the N-terminal domain of a novel cellula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jmb
タイトルThe Crystal structure of the N-terminal domain of a novel cellulases from Bacteroides coprocola
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / cellulases
機能・相同性Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides coprocola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tan, K. / Gu, M. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)115586 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal structure of the N-terminal domain of a novel cellulases from Bacteroides coprocola (CASP target)
著者: Tan, K. / Gu, M. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2016年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1632
ポリマ－21,1632
非ポリマー00
水1,38777
1
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5811
ポリマ－10,5811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5811
ポリマ－10,5811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.860, 47.860, 292.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

HOH

21B-205-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 10581.402 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 43-133) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides coprocola (バクテリア)
プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: B3JI28
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8M Ammonium Citrate Tribasic pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→41 Å / Num. obs: 13622 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ削減
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→41 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 641 4.79 %random
Rwork0.1871 ---
obs0.1892 13373 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1428 0 0 77 1505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0961993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.013519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0506-2.20890.29551040.23652339X-RAY DIFFRACTION94
2.2089-2.43120.26081370.21172483X-RAY DIFFRACTION99
2.4312-2.7830.22531350.20262510X-RAY DIFFRACTION100
2.783-3.50590.25641240.18532589X-RAY DIFFRACTION100
3.5-410.19741410.1662811X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5061-0.1624-2.47725.53822.24672.46310.25430.01120.65920.3035-0.4306-0.2827-1.14930.48490.1880.3321-0.0519-0.00820.22920.04640.2908-7.001227.130218.1672
22.62560.33070.64052.5892-2.20037.63990.0493-0.23760.32290.2670.1350.1321-0.8789-0.492-0.20070.24180.05090.03030.1795-0.04690.2222-15.005220.413828.8578
36.4048-1.95633.04894.1886-2.90957.9306-0.0009-0.1599-0.0129-0.05050.00730.0946-0.139-0.088-0.04850.1421-0.04670.01740.139-0.02670.1609-11.63812.10727.2478
43.6222-1.31471.92423.7955-3.39993.1964-0.1272-0.0540.34280.0515-0.3253-0.058-0.71280.53130.37660.1808-0.0183-0.01160.1349-0.02050.1719-6.135617.043222.9958
52.3836-0.31311.05282.9035-2.15352.66450.2368-0.28330.09370.1253-0.03830.3221-0.23640.4106-0.24390.1848-0.0392-0.01870.1596-0.03320.2758-6.872814.892629.2995
69.12542.919-3.55097.59514.42567.07930.1714-0.2261.86490.36690.42140.0184-1.45640.788-0.32460.5661-0.1080.02040.3553-0.07060.44122.192223.35992.5972
72.08651.44472.09255.56182.30032.27360.11130.29560.0217-0.91430.2909-0.8628-0.7740.6061-0.38890.3778-0.17430.09140.3293-0.02320.22715.43328.205-11.0231
86.75421.08540.12823.5621.17044.8732-0.6711-0.59650.0089-0.0480.0869-0.6668-0.46750.5281-0.60620.0667-0.1093-0.12180.5418-0.28190.501110.160313.72754.1206
93.41283.53582.77954.35071.18416.3399-0.1361-0.33650.3235-0.02750.10920.2346-0.18060.00920.10380.19930.01130.00210.1302-0.03760.2406-1.89515.6206-0.5347
106.2846-0.29824.33083.5441.29569.7107-0.06410.10670.1731-0.08220.1026-0.17060.15170.3989-0.060.1416-0.03530.04010.1136-0.00580.18080.99921.5929-7.44
114.0352.03282.80453.85443.57033.57650.0229-0.42470.2405-0.3568-0.18780.3265-0.0006-0.23530.11330.2453-0.0388-0.02510.1745-0.04070.2162-2.592311.3232-3.0807
124.1862-1.5751-1.41245.86150.94351.29590.0713-0.263-0.1060.43740.18080.1721-0.4403-0.2428-0.07380.2813-0.0579-0.06750.1882-0.03260.2428-1.258816.42528.8042
131.58090.87221.40811.36112.65816.3747-0.10830.3162-0.0505-0.66920.2667-0.2982-0.42550.4624-0.07240.2507-0.0337-0.0090.21830.0590.249-2.35913.1916-15.0052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 132 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 42 through 47 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 48 through 70 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 71 through 77 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 78 through 87 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 88 through 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 100 through 110 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 111 through 116 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 117 through 132 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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