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- PDB-5jm1: Structure of tetrameric jacalin complexed with a trisaccharide, G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jm1
タイトルStructure of tetrameric jacalin complexed with a trisaccharide, Gal alpha-(1,3) Gal beta-(1,4) Gal
要素
  • Agglutinin alpha chain
  • Agglutinin beta-3 chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Plant lectins / Galactose specific lectin / beta-prism I fold / post translational proteolysis / T-antigen binding protein / reducing / non-reducing sugars
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-galactopyranoside / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science and Technology, Govt. of India インド
引用ジャーナル: IUBMB Life / 年: 2016
タイトル: Effect of linkage on the location of reducing and nonreducing sugars bound to jacalin.
著者: Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2016年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,89621
ポリマ－66,4718
非ポリマー1,42513
水7,260403
1
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,65210
ポリマ－33,2354
非ポリマー4166
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
2
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,24411
ポリマ－33,2354
非ポリマー1,0097
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.490, 81.580, 63.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Agglutinin alpha chain / Jacalin alpha chain


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
Agglutinin beta-3 chain / Jacalin beta-3 chain


分子量: 1944.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18673

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-3DGalpb1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-AMG / methyl alpha-D-galactopyranoside / ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE / methyl alpha-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside / メチルα-D-ガラクトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGalp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-methyl-galactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 414分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.4), 15% poly(ethylene glycol) 8000, 10% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.01 Å / Num. obs: 38922 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLM1.0.5データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER2.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KU8

1ku8


解像度: 1.95→46.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 10.031 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23743 3871 9.9 %RANDOM
Rwork0.18036 ---
obs0.18618 35043 94.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.1 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→46.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4546 0 94 403 5043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.024755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.9686443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4475583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30324.105190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55415694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.073158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 267 -
Rwork0.261 2413 -
obs--89.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0756-0.0162-0.10420.8460.3211.1130.0018-0.04820.02680.05760.0151-0.0111-0.0219-0.0062-0.01690.0340.0008-0.00760.0203-0.00210.02014.58488.100436.2393
23.1178-2.0467-3.24841.36731.81038.10730.193-0.18480.3715-0.11470.1463-0.2553-0.33180.0096-0.33930.0961-0.05040.02680.0689-0.04520.0910.364212.444122.6206
31.31540.2524-0.35430.6588-0.50350.97620.0641-0.01770.04230.0109-0.03710.0875-0.076-0.0615-0.0270.04650.0074-0.00320.0358-0.01480.0449-20.64437.021922.7183
40.77850.4097-0.04563.46653.6484.7421-0.19550.0196-0.08080.26860.05610.08770.5035-0.02520.13940.1203-0.00230.01320.02490.00370.0418-8.1595-3.842322.1818
51.1238-0.1531-0.10710.6917-0.04610.86860.05370.0356-0.0244-0.0785-0.0269-0.0286-0.02920.0677-0.02680.0342-0.00160.00060.02360.00310.040620.7598-2.60074.2755
62.6965-1.0127-2.67721.2542.46737.0648-0.17210.0162-0.11160.16590.0309-0.02260.4098-0.08190.14110.0569-0.0077-0.00980.0141-0.00880.051110.102-9.847411.6924
71.10320.0669-0.19460.78790.05081.2222-0.01910.076-0.0494-0.0479-0.0113-0.00640.05360.01950.03040.0416-0.00710.00090.0212-0.00480.0244-4.2732-12.4745-4.4946
82.45260.8788-0.13922.06861.65231.66250.21860.16310.0373-0.2082-0.1136-0.1003-0.3003-0.1816-0.1050.12350.0384-0.00670.05340.03030.0373-0.03070.8335-0.0904
90.19320.0011-0.03150.16650.04690.2868-0.00220.00640.01120.0005-0.0032-0.0237-0.0124-0.00210.00540.1181-0.0023-0.01320.07940.02190.11760.75481.169614.6904
100.5632-0.1797-0.71050.08260.20860.9376-0.03530.0679-0.08870.03630.0010.09240.1144-0.09070.03430.2779-0.0414-0.02160.1359-0.01970.258-5.5405-0.867617.7946
111.381216.3765-29.8874194.2411-354.49646.94453.8629-0.31230.3935-3.19340.45464.64285.83746.7374-4.31750.50440.049-0.00030.1433-0.25320.8312-32.265310.694914.9215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 18
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8H4 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9A301 - 405
10X-RAY DIFFRACTION9B101 - 110
11X-RAY DIFFRACTION9C301 - 382
12X-RAY DIFFRACTION9D201 - 205
13X-RAY DIFFRACTION9E301 - 391
14X-RAY DIFFRACTION9F101 - 107
15X-RAY DIFFRACTION9G301 - 387
16X-RAY DIFFRACTION9H101 - 116
17X-RAY DIFFRACTION10A201 - 203
18X-RAY DIFFRACTION10C201
19X-RAY DIFFRACTION10D101
20X-RAY DIFFRACTION10E201
21X-RAY DIFFRACTION10G201 - 204
22X-RAY DIFFRACTION11C202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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