[日本語] English
万見
- PDB-5jj8: Crystal Structure of the Beta Carbonic Anhydrase psCA3 isolated f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jj8
タイトルCrystal Structure of the Beta Carbonic Anhydrase psCA3 isolated from Pseudomonas aeruginosa - alternate crystal packing form
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / psCA3 / crystal packing / beta-carbonic anhydrase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.585 Å
データ登録者Pinard, M.A. / Kurian, J.J. / Aggarwal, M. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM25154 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Cryoannealing-induced space-group transition of crystals of the carbonic anhydrase psCA3.
著者: Pinard, M.A. / Kurian, J.J. / Aggarwal, M. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6324
ポリマ－48,5012
非ポリマー1312
水39622
1
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6324
ポリマ－48,5012
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
2
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6324
ポリマ－48,5012
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544x,-y-1,-z-11
Buried area5990 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.429, 69.362, 77.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

21B-409-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase


分子量: 24250.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: can_1, can, yadF, AO943_21535, AO946_10560, AOD73_25440, AOU28_24465, AOY09_00950, APT60_24635, ATC05_14980, AU380_02155, ERS445055_04974, HV95_21180, HV96_01220, HV97_23895, HV98_01810, ...遺伝子: can_1, can, yadF, AO943_21535, AO946_10560, AOD73_25440, AOU28_24465, AOY09_00950, APT60_24635, ATC05_14980, AU380_02155, ERS445055_04974, HV95_21180, HV96_01220, HV97_23895, HV98_01810, HV99_02890, HW00_06825, HW01_20790, HW02_08065, HW03_11820, HW04_25045, HW05_22660, HW06_00905, HW07_08265, HW08_30020, HW09_16360, HW10_17975, IOMTU133_5488, PA257_5879, PA8380_53220, PAERUG_E15_London_28_01_14_01862, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_05532, PAO1OR4768
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A072ZBL6, UniProt: Q9HVB9*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Hampton Research Crystal Screen 2, PEG/Ion, PEG/Ion 2, an in-house sodium citrate screen (screening conditions varied from 1.1 to 1.8 M sodium citrate, Tris-HCl pH 7.1-8.1), and an in-house ...詳細: Hampton Research Crystal Screen 2, PEG/Ion, PEG/Ion 2, an in-house sodium citrate screen (screening conditions varied from 1.1 to 1.8 M sodium citrate, Tris-HCl pH 7.1-8.1), and an in-house ammonium sulfate screen (screening conditions varied from 1.8 M to 2.8 M ammonium sulfate, 0.1 M malic acid, 0.1 M imidazole pH 7.0-8.5) prepared by the Rigaku Alchemist DT were used to screen for optimum crystallization conditions.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9177 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9177 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.585→35.553 Å / Num. obs: 14191 / % possible obs: 91.48 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 17.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RXY

4rxy


解像度: 2.585→35.553 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 710 5 %
Rwork0.2117 --
obs0.2148 14191 91.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.585→35.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 2 22 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2434730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6891272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5849-2.78440.30711200.22892278X-RAY DIFFRACTION79
2.7844-3.06450.35291300.24082472X-RAY DIFFRACTION85
3.0645-3.50760.3441530.23612901X-RAY DIFFRACTION99
3.5076-4.41790.24951530.19272908X-RAY DIFFRACTION99
4.4179-35.55670.23811540.20292922X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.6609 Å / Origin y: -9.0053 Å / Origin z: -16.6188 Å
111213212223313233
T0.3762 Å2-0.0359 Å2-0.0219 Å2-0.3194 Å20.1536 Å2--0.3574 Å2
L1.2072 °20.7675 °20.7557 °2-0.57 °20.6288 °2--0.7856 °2
S-0.0794 Å °0.0161 Å °0.2271 Å °-0.0605 Å °-0.0623 Å °0.1049 Å °-0.0351 Å °0.0362 Å °-0.0036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る