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- PDB-5jfr: Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via Fragment Based Drug Discovery -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jfr
タイトルPotent, Reversible MetAP2 Inhibitors via Fragment Based Drug Discovery
要素Methionine aminopeptidase 2
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / peptidase / metal ion binding / proteolysis / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like ...Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6KP / : / Methionine aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dougan, D.R. / Lawson, J.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of potent, reversible MetAP2 inhibitors via fragment based drug discovery and structure based drug design-Part 2.
著者: McBride, C. / Cheruvallath, Z. / Komandla, M. / Tang, M. / Farrell, P. / Lawson, J.D. / Vanderpool, D. / Wu, Y. / Dougan, D.R. / Plonowski, A. / Holub, C. / Larson, C.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9126
ポリマ－41,3561
非ポリマー5565
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.644, 100.816, 99.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase 2 / MetAP 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67eIF2 / Peptidase M


分子量: 41355.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 87-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P50579, methionyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 345分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-6KP / 7-fluoro-4-(5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-6-yl)-2,4-dihydropyrazolo[4,3-b]indole


分子量: 306.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11FN6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 % / Mosaicity: 0.336 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 40% MPD, 0.1M Hepes pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 59409 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.008 / Net I/av σ(I): 29.74 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 430107
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.636.50.82199.8
1.63-1.6670.7731100
1.66-1.697.30.7091100
1.69-1.727.30.5941100
1.72-1.767.40.5151100
1.76-1.87.30.4151100
1.8-1.857.40.3561100
1.85-1.97.40.3081100
1.9-1.957.30.2371100
1.95-2.027.40.1711100
2.02-2.097.40.1341100
2.09-2.177.40.111100
2.17-2.277.40.0931100
2.27-2.397.40.0761100
2.39-2.547.40.0731100
2.54-2.747.30.0731100
2.74-3.017.10.0661100
3.01-3.457.10.0521100
3.45-4.347.10.0291100
4.34-507.10.024199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0025精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 3.463 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.067
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1714 2997 5 %RANDOM
Rwork0.1358 ---
obs0.1376 56379 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.59 Å2 / Biso mean: 34.875 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å20 Å20 Å2
2---2.46 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 0 37 340 3253
Biso mean--36.81 45.99 -
残基数----366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2111.9744057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7373.0016495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0625364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.124.453137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98515520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2171518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.19335802
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.1075118
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.26555964
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 225 -
Rwork0.219 4065 -
all-4290 -
obs--98.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.849 Å / Origin y: -25.419 Å / Origin z: -13.436 Å
111213212223313233
T0.0377 Å20.0085 Å20.0404 Å2-0.0852 Å20.0012 Å2--0.1181 Å2
L0.2722 °20.3341 °2-0.0795 °2-2.7225 °2-0.6285 °2--0.8421 °2
S0.0913 Å °0.0055 Å °0.0704 Å °0.2168 Å °0.0258 Å °0.4891 Å °-0.083 Å °-0.06 Å °-0.117 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A110 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1A216 - 269
3X-RAY DIFFRACTION1A270 - 321
4X-RAY DIFFRACTION1A322 - 478
5X-RAY DIFFRACTION1A501
6X-RAY DIFFRACTION1A502
7X-RAY DIFFRACTION1A505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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