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- PDB-5jfe: Flavin-dependent thymidylate synthase with H2-dUMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jfe
タイトルFlavin-dependent thymidylate synthase with H2-dUMP
要素Thymidylate synthase ThyX
キーワードTRANSFERASE / thymidylate synthase / complex / H2-dUMP ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #170 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2'-deoxy-5'-uridylic acid / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Sapra, A. / Stuckey, J. / Palfey, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF CHE 1213620 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evaluating H2-dUMP as an Intermediate in the oxidation of Flavin-dependent Thymidylate Synthase
著者: Sapra, A. / Stuckey, J. / Palfey, B.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase ThyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9108
ポリマ－27,5041
非ポリマー1,4067
水1,982110
1
A: Thymidylate synthase ThyX
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase ThyX
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase ThyX
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase ThyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,63932
ポリマ－110,0154
非ポリマー5,62428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454y-1/2,x+1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation16_554-y+1/2,-x+1/2,-z-1/21
Buried area25060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area29950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.322, 110.322, 120.765
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase ThyX / TSase


分子量: 27503.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thyX, thy1, TM_0449
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UMC / 2'-deoxy-5'-uridylic acid


分子量: 310.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O8P
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 1- 6% PEG 4000, 0-30 mM NaCl, 100 mM Na/K phosphate, pH 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 24294 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 24.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.08 / Net I/av σ(I): 41.273 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 415659
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.03-2.0717.30.41611940.9780.1020.4290.706
2.07-2.117.30.36512000.9820.090.3760.716
2.1-2.1417.40.32912030.9870.0810.3390.708
2.14-2.1917.40.30411790.9880.0740.3130.734
2.19-2.2317.30.25712000.990.0630.2650.737
2.23-2.2917.40.23212000.9920.0570.2390.756
2.29-2.3417.40.212040.9950.0490.2060.775
2.34-2.4117.30.18911870.9950.0460.1950.766
2.41-2.4817.40.16611930.9950.0410.1710.792
2.48-2.5617.40.14912130.9970.0370.1530.807
2.56-2.6517.30.12311940.9970.030.1270.84
2.65-2.7617.40.1112120.9980.0270.1140.864
2.76-2.8817.30.09912230.9990.0240.1020.886
2.88-3.0317.30.08711920.9980.0210.090.976
3.03-3.2217.30.07212130.9990.0180.0741.235
3.22-3.4717.10.07212250.9990.0180.0741.756
3.47-3.8216.70.0712290.9980.0180.0722.295
3.82-4.3716.50.06312310.9990.0160.0652.596
4.37-5.5116.40.04712670.9990.0120.0481.594
5.51-5015.60.036133510.0090.0371.129

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.2精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GTE

4gte


解像度: 2.03→47.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Blow DPI: 0.114 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 1224 5.04 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.171 24280 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 102.67 Å2 / Biso mean: 27.03 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4812 Å20 Å20 Å2
2--3.4812 Å20 Å2
3----6.9624 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1771 0 93 110 1974
Biso mean--26.38 35.66 -
残基数----213
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d954SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes338HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2048HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion258SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2598SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2048HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2780HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.74
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.12 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 133 4.71 %
Rwork0.165 2689 -
all-2822 -
obs--96.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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