+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jex | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of type 2 PDF from Streptococcus agalactiae, crystallized in imidazole buffer | ||||||
![]() | Peptide deformylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / PDF / type 2 / NME / N-terminal methionine excision / Streptococcus agalactiae / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fieulaine, S. / Giglione, C. / Meinnel, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: A unique peptide deformylase platform to rationally design and challenge novel active compounds. 著者: Fieulaine, S. / Alves de Sousa, R. / Maigre, L. / Hamiche, K. / Alimi, M. / Bolla, J.M. / Taleb, A. / Denis, A. / Pages, J.M. / Artaud, I. / Meinnel, T. / Giglione, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 76 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5jeyC ![]() 5jezC ![]() 5jf0C ![]() 5jf1C ![]() 5jf2C ![]() 5jf3C ![]() 5jf4C ![]() 5jf5C ![]() 5jf6C ![]() 5jf7C ![]() 5jf8C ![]() 2aieS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22894.297 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: def, gbs1883 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-IMD / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 7% PEG-8000 , 100mM Imidazole pH7.5, 300mM Zn Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9755 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16886 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 17.04 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.63 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 99.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AIE 解像度: 2→44.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.254 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.111 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→44.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|