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- PDB-5jd8: Crystal structure of the serine endoprotease from Yersinia pestis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jd8
タイトルCrystal structure of the serine endoprotease from Yersinia pestis
要素Periplasmic serine peptidase DegS
キーワードHYDROLASE / DegS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, DegS / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H ...Peptidase S1C, DegS / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzsak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the serine endoprotease from Yersinia pestis
著者: Filippova, E.V. / Wawrzsak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic serine peptidase DegS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7784
ポリマ－35,3551
非ポリマー4243
水2,774154
1
A: Periplasmic serine peptidase DegS
ヘテロ分子

A: Periplasmic serine peptidase DegS
ヘテロ分子

A: Periplasmic serine peptidase DegS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,33512
ポリマ－106,0643
非ポリマー1,2719
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8430 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area37040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.418, 104.418, 76.015
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

SO4

21A-553-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic serine peptidase DegS


分子量: 35354.785 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: degS, AK38_3169 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: A0A0B6NK33, UniProt: A0A5P8YL96*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 10% Isopropane, 50 mM CAPSO buffer pH 11, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 5% P200 paratone-N oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 26479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RQY

4rqy


解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.311 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18269 1292 4.9 %RANDOM
Rwork0.14831 ---
obs0.14999 25187 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2017 0 26 154 2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0031.9852828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04834843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2365271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47525.37580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73815354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8461513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3333.2341093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3313.2331092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8094.8151361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8084.8171362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8893.643988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8813.627984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6135.2931462
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.96825.6242188
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.96625.6312189
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.848→1.896 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 91 -
Rwork0.201 1871 -
obs--99.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6618-0.9985-0.42221.65350.56670.62750.02690.01320.0847-0.0401-0.0615-0.22940.0304-0.00330.03460.04490.01770.03520.05820.01170.129520.700747.065650.4939
20.9328-0.3613-0.08210.39450.03660.08660.01290.0397-0.1135-0.0398-0.019-0.0138-0.0046-0.00390.00610.06950.00860.01090.05810.00660.09017.210849.353553.9369
31.71290.6593-1.14710.73040.17061.5592-0.2290.1031-0.29190.0298-0.0235-0.07310.3011-0.17170.25260.1153-0.00680.07280.0315-0.0080.20810.953229.217249.0316
41.8574-1.07562.36756.53031.62164.65320.2295-0.0797-0.3372-0.2508-0.12170.62360.35-0.3537-0.10780.1449-0.16960.05250.2412-0.14440.1847-3.274315.748739.0372
510.2623-5.71640.22315.61931.6171.35820.0425-0.2805-0.11010.1902-0.12190.05460.27-0.30070.07940.1491-0.12940.08630.1241-0.07140.07592.278521.22447.5389
612.27440.10955.24830.29730.0630.0736-0.0238-0.34470.1557-0.114-0.69020.0572-0.11960.04040.1592-0.20960.00990.3536-0.13330.2497-6.77138.28442.0678
74.47553.12640.37146.89921.06350.34420.08620.7828-0.39540.47810.0299-0.04220.17370.1044-0.11610.18690.0306-0.00060.2864-0.18810.16148.261916.176642.7082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2A135 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3A235 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4A280 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5A312 - 329
6X-RAY DIFFRACTION6A330 - 343
7X-RAY DIFFRACTION7A344 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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