PDB-5jcq: Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli K12 in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jcq

タイトル

Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli K12 in complex with methyl alpha-D-mannopyrannoside in spacegroup P21

要素

Protein FimH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / type 1 pilus / FimH / UTI / bladder infection / lectin / mannose / carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Rabbani, S. / Ernst, B. / Maier, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli K12 in complex with methyl alpha-D-mannopyrannoside in spacegroup P21
著者: Jakob, R.P. / Rabbani, S. / Ernst, B. / Maier, T.

履歴

登録	2016年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jcq.cif.gz	199.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jcq.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jcq_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jcq_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	5jcq_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	5jcq_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/5jcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/5jcq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x50S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gtw-3 6aro-1 6aoy-1 3zpd-d 6as8-1 5rku-d 5rkb-d 3zl1-2 2fvn-d 5s95-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

B: Protein FimH

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.899, 69.066, 62.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Protein FimH

分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTrc99a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08191

#2: 糖

ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammoniumsulfat, 30% PEG3350, 0.1 M Hepes 7.0, frozen by addition of 20 % EG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.602→46.83 Å / Num. obs: 97484 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.602→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X50

4x50

解像度: 1.602→46.83 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 21.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	4990	5.12 %
R_work	0.1812	-	-
obs	0.1829	97484	91.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→46.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	36	698	3126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2496
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.308	3434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.707	864
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6024-1.6206	0.3081	143	0.2645	2621	X-RAY DIFFRACTION	78
1.6206-1.6397	0.2838	148	0.2547	3081	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6397-1.6597	0.229	177	0.2365	3020	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6597-1.6807	0.3004	181	0.2385	2961	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6807-1.7028	0.2897	169	0.2322	3005	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7028-1.7261	0.2311	150	0.2167	2965	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7261-1.7508	0.2665	161	0.2193	3064	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7508-1.7769	0.2534	175	0.1989	2947	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7769-1.8047	0.2129	179	0.1881	3068	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8047-1.8343	0.212	166	0.185	3144	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8343-1.8659	0.21	161	0.1978	3168	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8659-1.8999	0.2832	165	0.2064	3113	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8999-1.9364	0.2666	183	0.2109	3066	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9364-1.9759	0.1996	155	0.1849	3180	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9759-2.0189	0.182	140	0.1678	3150	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0189-2.0659	0.1746	183	0.1638	3117	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0659-2.1175	0.1989	197	0.1642	3106	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1175-2.1748	0.2277	163	0.1706	3151	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1748-2.2388	0.2376	179	0.1918	3056	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2388-2.311	0.2549	161	0.1978	2998	X-RAY DIFFRACTION	90
2.311-2.3936	0.2505	155	0.1706	3093	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3936-2.4894	0.1877	159	0.1593	3075	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4894-2.6027	0.2101	184	0.1649	3174	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6027-2.7399	0.2269	164	0.1686	3218	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7399-2.9116	0.2131	187	0.1714	3170	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9116-3.1363	0.1925	154	0.1659	3185	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1363-3.4519	0.1893	174	0.1608	3193	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4519-3.9512	0.1827	179	0.1788	3066	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9512-4.9771	0.1815	156	0.1649	3107	X-RAY DIFFRACTION	92
4.9771-46.85	0.2175	142	0.1905	3232	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7969	-0.2517	-1.2947	0.4195	0.2304	0.9873	-0.0669	0.0862	-0.1333	0.0024	0.011	0.0342	0.0789	-0.0302	0.1004	0.1448	-0.015	0.0267	0.1147	-0.0126	0.1435	-3.4067	0.3413	64.9766
2	2.0282	-0.8375	-1.3284	0.4967	0.5549	0.8999	-0.0038	0.0398	0.2395	-0.0486	0.0271	-0.0234	0.0309	0.013	-0.0427	0.1081	-0.0028	0.0305	0.0983	-0.004	0.1404	-8.3049	11.0528	68.9899
3	2.1365	-0.2964	-0.8219	0.4898	0.1869	0.6555	0.0155	0.0565	0.1133	-0.0054	0.0257	-0.0308	0.0045	0.0016	-0.0367	0.116	-0.0012	0.0229	0.0913	0.0016	0.1014	-5.7817	7.2385	67.3234
4	3.8253	-1.038	-2.8453	2.1022	1.5637	3.9365	0.0961	-0.2472	0.4043	0.0444	-0.0037	-0.0828	-0.3353	0.1476	-0.1784	0.1429	-0.0124	0.0089	0.1597	-0.0062	0.1731	16.0118	-0.2792	88.7804
5	1.8481	0.3697	-1.6801	0.3016	-0.1696	1.8199	0.1408	-0.0166	0.2039	0.0636	0.0048	0.0403	-0.126	0.0221	-0.1333	0.1437	-0.0019	0.0328	0.1093	-0.0046	0.1386	4.8568	-1.5151	91.0696
6	2.0223	0.7437	-3.2719	0.4884	-0.8987	7.6172	-0.1098	0.0113	-0.0681	-0.008	0.0052	-0.073	0.2793	0.0684	0.1202	0.1311	-0.0247	0.0408	0.0721	-0.0174	0.1226	2.5045	-11.9325	94.1196
7	1.8914	0.6176	-1.7044	0.6235	-0.5597	2.2247	-0.03	0.2138	0.0706	-0.067	0.0937	0.0623	0.0516	-0.2076	0.023	0.101	-0.009	0.0094	0.1113	0.0006	0.1039	1.1955	-8.6965	88.5071
8	1.8302	0.1012	-1.7349	0.5993	-0.1478	2.3052	-0.0838	-0.1381	-0.0485	0.0087	-0.0217	-0.0218	0.1358	0.1541	0.0339	0.0945	-0.0022	0.0175	0.1	-0.0021	0.1297	8.067	-7.5083	95.3915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 158 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 16 through 53 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 54 through 77 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 78 through 116 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 117 through 158 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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