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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jb4 | ||||||
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タイトル | A simplified BPTI variant containing 21 alanines out 58 of residues | ||||||
![]() | Pancreatic trypsin inhibitor | ||||||
![]() | HYDROLASE INHIBITOR / Bovine pancreatic trypsin inhibitor variant / sequence simplification / 21 alanines / protein design | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / negative regulation of platelet aggregation / potassium channel inhibitor activity / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / negative regulation of platelet aggregation / potassium channel inhibitor activity / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / calcium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Islam, M.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of highly simplified BPTIs provide insights into hydration-driven increase of unfolding enthalpy 著者: Islam, M.M. / Yohda, M. / Kidokoro, S. / Kuroda, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5842.605 Da / 分子数: 3 / 変異: C49G,C73V,M87L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, LITHIUM SULFATE, TRIS-HCL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 17360 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 3.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3AUB 解像度: 1.99→39.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 3.878 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→39.81 Å
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拘束条件 |
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