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万見
- PDB-5j79: The identification and pharmacological characterization of 6-(ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j79
タイトルThe identification and pharmacological characterization of 6-(tert-butylsulfonyl)-N-(5-fluoro-1H-indazol-3-yl)quinolin-4-amine (GSK583), a highly potent and selective inhibitor of RIP2 Kinase, Compound 3 complex
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase domain / kinase inhibitor / structure-based drug design / inhibitor selectivity / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / caspase binding / xenophagy / LIM domain binding ...response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / caspase binding / xenophagy / LIM domain binding / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN kinase kinase kinase activity / cellular response to peptidoglycan / response to interleukin-12 / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / toll-like receptor 4 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / p75NTR recruits signalling complexes / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of protein ubiquitination / ERK1 and ERK2 cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-2 production / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / response to interleukin-1 / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of JNK cascade / non-specific protein-tyrosine kinase / protein homooligomerization / Interleukin-1 signaling / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Ovarian tumor domain proteases / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / vesicle / adaptive immune response / cytoskeleton / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / signaling receptor binding / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6GE / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Convery, M.A. / Casillas, L.N. / Haile, P.A. / Votta, B.J. / Lakdawala, A.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Identification and Pharmacological Characterization of 6-(tert-Butylsulfonyl)-N-(5-fluoro-1H-indazol-3-yl)quinolin-4-amine (GSK583), a Highly Potent and Selective Inhibitor of RIP2 Kinase.
著者: Haile, P.A. / Votta, B.J. / Marquis, R.W. / Bury, M.J. / Mehlmann, J.F. / Singhaus, R. / Charnley, A.K. / Lakdawala, A.S. / Convery, M.A. / Lipshutz, D.B. / Desai, B.M. / Swift, B. / ...著者: Haile, P.A. / Votta, B.J. / Marquis, R.W. / Bury, M.J. / Mehlmann, J.F. / Singhaus, R. / Charnley, A.K. / Lakdawala, A.S. / Convery, M.A. / Lipshutz, D.B. / Desai, B.M. / Swift, B. / Capriotti, C.A. / Berger, S.B. / Mahajan, M.K. / Reilly, M.A. / Rivera, E.J. / Sun, H.H. / Nagilla, R. / Beal, A.M. / Finger, J.N. / Cook, M.N. / King, B.W. / Ouellette, M.T. / Totoritis, R.D. / Pierdomenico, M. / Negroni, A. / Stronati, L. / Cucchiara, S. / Ziokowski, B. / Vossenkamper, A. / MacDonald, T.T. / Gough, P.J. / Bertin, J. / Casillas, L.N.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3499
ポリマ－75,2122
非ポリマー1,1377
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.523, 133.523, 107.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ...CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ICE-kinase / RIP-like-interacting CLARP kinase / Receptor-interacting protein 2 / RIP-2 / Tyrosine-protein kinase RIPK2


分子量: 37605.980 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-310 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RIPK2, CARDIAK, RICK, RIP2, UNQ277/PRO314/PRO34092
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43353, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6GE / 4-methyl-3-{[6-(methylsulfonyl)quinolin-4-yl]amino}phenol / GW559768X


分子量: 328.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N2O3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5M Ammonium sulphate, 25% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→78.81 Å / Num. obs: 31237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.69→2.84 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5ar4

5ar4


解像度: 2.69→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.983 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.245
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21869 1570 5 %RANDOM
Rwork0.16149 ---
obs0.16445 29546 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20.43 Å20 Å2
2--0.85 Å2-0 Å2
3----2.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.69→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4527 0 71 312 4910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9786453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1125556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.20223.395215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.26815783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9471532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1177.522242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.15416.8442792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0957.7872493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.50839.1947092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.759 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 122 -
Rwork0.222 2108 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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