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- PDB-5j61: D-aminoacyl-tRNA deacylase (DTD) from Plasmodium falciparum in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j61
タイトルD-aminoacyl-tRNA deacylase (DTD) from Plasmodium falciparum in complex with glycyl-3'-aminoadenosine at 2.10 Angstrom resolution
要素D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
キーワードHYDROLASE / DTD / proofreading / chiral / enantioselection
機能・相同性
機能・相同性情報


Gly-tRNA(Ala) hydrolase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / tRNA binding / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-aminoacyl-tRNA deacylase DTD / D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase / D-aminoacyl-tRNA deacylase-like superfamily / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-deoxy-3'-(glycylamino)adenosine / D-aminoacyl-tRNA deacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Routh, S.B. / Ahmad, S. / Sankaranarayanan, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Elongation Factor Tu Prevents Misediting of Gly-tRNA(Gly) Caused by the Design Behind the Chiral Proofreading Site of D-Aminoacyl-tRNA Deacylase
著者: Routh, S.B. / Pawar, K.I. / Ahmad, S. / Singh, S. / Suma, K. / Kumar, M. / Kuncha, S.K. / Yadav, K. / Kruparani, S.P. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
B: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
C: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
D: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
E: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
F: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
G: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
H: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,45116
ポリマ－153,8658
非ポリマー2,5868
水3,225179
1
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
B: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1134
ポリマ－38,4662
非ポリマー6472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
2
C: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
D: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1134
ポリマ－38,4662
非ポリマー6472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
3
E: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
F: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1134
ポリマ－38,4662
非ポリマー6472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
4
G: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
H: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1134
ポリマ－38,4662
非ポリマー6472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.156, 86.439, 138.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase


分子量: 19233.084 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF11_0095 / プラスミド: PET-21B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8IIS0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-A3G / 3'-deoxy-3'-(glycylamino)adenosine


分子量: 323.308 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N7O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 3350, 0.4M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 75606 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.876

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KNF

3knf


解像度: 2.1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 9.627 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.223
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26963 3690 4.9 %RANDOM
Rwork0.2201 ---
obs0.22251 71448 96.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å2-2.31 Å2
2--0.68 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10044 0 184 179 10407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0210428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.97114063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6943.00323366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2751198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.68825.478513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.107151982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2791540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9835.6644864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9835.6644863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4298.4616038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4298.4626039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0676.1345564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0676.1345564
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9669.0418025
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.2345.15311553
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.22145.13811547
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å /
反射数%反射
Rwork5384 -
obs-99.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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