PDB-5j4r: WELO5 SMALL MOLECULE HALOGENASE WITH NI(II) AND 2-OXOGLUTARATE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j4r

タイトル

WELO5 SMALL MOLECULE HALOGENASE WITH NI(II) AND 2-OXOGLUTARATE

要素

WelO5

キーワード

HYDROLASE / 2-oxoglutarate and iron dependendent halogenase / small molecule halogenase

機能・相同性

metal ion binding / 2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / WelO5

機能・相同性情報

生物種

Hapalosiphon welwitschii UTEX B 1830 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

McDonough, M.A. / Gallimore, E. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: WELO5 SMALL MOLECULE HALOGENASE WITH NI(II) AND 2-OXOGLUTARATE
著者: Gallimore, E. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j4r.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j4r.ent.gz	102.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j4r_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j4r_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	5j4r_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	5j4r_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t22C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5iqt-1 6ur1-2 4mhu-1 5trq-1 2xmq-3 6ur1-1 5trq-2 6uqy-1 6hzx-2 4mhr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WelO5

ヘテロ分子

32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.030, 102.770, 123.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	WelO5 分子量: 32557.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hapalosiphon welwitschii UTEX B 1830 (バクテリア) プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067YX61
#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 part Well solution: 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid pH 5.5, 100 mM sodium chloride, 22% polyethylene glycol 6000 added to 1 part protein 27 mg/mL, 5 mM nickel chloride, 5 mM 2- ...詳細: 1 part Well solution: 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid pH 5.5, 100 mM sodium chloride, 22% polyethylene glycol 6000 added to 1 part protein 27 mg/mL, 5 mM nickel chloride, 5 mM 2-oxoglutarate, 20 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, 5mM (6aS,9S,10aS)-6,6,9-trimethyl-9-vinyl-6a,7,8,10a-tetrahydro-5H-indeno[2,1-b]indol-10-one

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 part Well solution: 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid pH 5.5, 100 mM sodium chloride, 22% polyethylene glycol 6000 added to 1 part protein 27 mg/mL, 5 mM nickel chloride, 5 mM 2- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→47.98 Å / Num. obs: 83245 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.88 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 51.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2328: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→47.976 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1602	3430	4.55 %
R_work	0.1376	-	-
obs	0.1386	75312	97.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2182	0	11	246	2439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.474	3125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6	1379
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	415

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6736	0.2917	118	0.2451	2430	X-RAY DIFFRACTION	79
1.6736-1.6986	0.2842	134	0.2172	2713	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6986-1.7251	0.2226	138	0.1959	2854	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7251-1.7534	0.2099	142	0.181	2914	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7534-1.7836	0.2121	132	0.1624	2909	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7836-1.8161	0.2232	140	0.1612	2963	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8161-1.851	0.2126	140	0.1539	3013	X-RAY DIFFRACTION	98
1.851-1.8888	0.1777	159	0.1501	3034	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8888-1.9299	0.1583	141	0.1488	3053	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9299-1.9747	0.1662	141	0.1431	3020	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9747-2.0241	0.1557	143	0.1403	3050	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0241-2.0789	0.1881	144	0.1375	3087	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0789-2.14	0.1827	151	0.1354	3008	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.2091	0.1469	153	0.133	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2091-2.2881	0.1601	145	0.1335	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2881-2.3797	0.1415	136	0.1271	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.488	0.1523	160	0.1297	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.488-2.6191	0.1824	143	0.1301	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6191-2.7832	0.1525	148	0.1368	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7832-2.9981	0.1618	137	0.1348	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9981-3.2997	0.1878	145	0.1395	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2997-3.777	0.1615	143	0.1309	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
3.777-4.758	0.1093	150	0.1118	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
4.758-47.9967	0.145	147	0.1485	3076	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4135	0.3401	-0.9239	1.0361	-0.5029	2.9459	0.0378	-0.152	0.0261	-0.0002	-0.0332	-0.0669	-0.1732	0.288	-0.0066	0.1548	-0.0214	0.0024	0.1423	-0.0084	0.1833	8.0967	19.6558	46.4515
2	1.84	0.4213	-0.1344	1.6326	0.4941	2.5742	-0.0343	0.003	-0.1804	-0.118	0.0794	-0.1973	0.097	0.4199	-0.0621	0.1336	0.018	0.016	0.1543	0.0227	0.1482	10.3062	10.6255	38.4106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 150 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 151 through 290 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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