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万見
- PDB-5j40: The X-ray structure of JCV Helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j40
タイトルThe X-ray structure of JCV Helicase
要素Large T antigen
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Helicase / hexamer / Zn / ATP / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Large T antigen, SV40, domain 3 / Zinc finger, large T-antigen D1 domain / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding ...Large T antigen, SV40, domain 3 / Zinc finger, large T-antigen D1 domain / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Ter Haar, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Fragment-Based Discovery of Dual JC Virus and BK Virus Helicase Inhibitors.
著者: Bonafoux, D. / Nanthakumar, S. / Bandarage, U.K. / Memmott, C. / Lowe, D. / Aronov, A.M. / Bhisetti, G.R. / Bonanno, K.C. / Coll, J. / Leeman, J. / Lepre, C.A. / Lu, F. / Perola, E. / ...著者: Bonafoux, D. / Nanthakumar, S. / Bandarage, U.K. / Memmott, C. / Lowe, D. / Aronov, A.M. / Bhisetti, G.R. / Bonanno, K.C. / Coll, J. / Leeman, J. / Lepre, C.A. / Lu, F. / Perola, E. / Rijnbrand, R. / Taylor, W.P. / Wilson, D. / Zhou, Y. / Zwahlen, J. / Ter Haar, E.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7464
ポリマ－42,3891
非ポリマー3573
水5,188288
1
A: Large T antigen
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,47424
ポリマ－254,3346
非ポリマー2,14018
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area17630 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area92230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.910, 109.910, 67.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Large T antigen / LT-AG


分子量: 42388.984 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 261-628
変異: E280A, D295N, N299A, Q301A, Q302A, K304A, K305A, E307A, K308A, K309A, I354L, D408E, R624A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
プラスミド: pET28b.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03072, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 % / 解説: hexameric buttons
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25-30% Peg400, 0.1 M LiSO4, 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.999971 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→38.972 Å / Num. obs: 22759 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 40.78 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/av σ(I): 11.995 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.17-2.295.60.4461.7194.7
2.29-2.435.70.2912.6193.5
2.43-2.65.70.1864.1193.4
2.6-2.815.70.126.3192.8
2.81-3.085.80.07410.2192.1
3.08-3.445.70.04416.3191.6
3.44-3.975.70.03220.5190
3.97-4.865.60.02722.8188.6
4.86-6.885.60.02920.2187.8
6.88-38.9725.60.02228.1185.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER2.3.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→38.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Blow DPI: 0.193 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.189
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1182 5.19 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.172 22756 91.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 148.43 Å2 / Biso mean: 45.45 Å2 / Biso min: 21.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1674 Å20 Å20 Å2
2--3.1674 Å20 Å2
3----6.3349 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→38.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2841 0 31 288 3160
Biso mean--38.58 51.79 -
残基数----358
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1034SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes418HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2935HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion372SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3571SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2935HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3984HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.49
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.28 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 160 5.41 %
Rwork0.208 2798 -
all-2958 -
obs--90.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37561.4718-0.59443.79051.25751.9320.02510.22520.0988-0.1540.02660.27070.0409-0.2316-0.0518-0.0932-0.00170.0055-0.08170.07310.0388-23.86267.2237-13.2047
22.91990.47620.2281.3581-0.02891.24790.2423-0.0589-0.06970.0374-0.1265-0.2346-0.10290.0656-0.1158-0.0835-0.01260.0606-0.14350.0377-0.0435-31.608319.162115.4486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|701 - A|701 A|266 - A|356 }A1
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|701 - A|701 A|266 - A|356 }A266 - 356
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|357 - A|512 A|518 - A|628 }A357 - 512
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|357 - A|512 A|518 - A|628 }A518 - 628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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