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- PDB-5j3b: Structure of translation elongation factor P from Acinetobacter b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3b
タイトルStructure of translation elongation factor P from Acinetobacter baumannii
要素Elongation factor P
キーワードTRANSLATION / SSGCID / Acinetobacter baumannii / translation elongation factor P / protein biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide biosynthetic process / translation elongation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor P / Translation elongation factor P/YeiP, central / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P, C-terminal / Translation elongation factor P/YeiP / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P (EF-P) KOW-like domain ...Translation elongation factor P / Translation elongation factor P/YeiP, central / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P, C-terminal / Translation elongation factor P/YeiP / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P (EF-P) KOW-like domain / SH3 type barrels. - #30 / Nucleic acid-binding proteins / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Elongation factor P
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of translation elongation factor P from Acinetobacter baumannii
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor P
B: Elongation factor P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0025
ポリマ－43,8922
非ポリマー1103
水57632
1
A: Elongation factor P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9812
ポリマ－21,9461
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Elongation factor P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0203
ポリマ－21,9461
非ポリマー752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.760, 52.230, 90.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3:6 or (resid 7 and (name...
21(chain B and (resid 3:28 or (resid 29 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNTHRTHR(chain A and (resid 3:6 or (resid 7 and (name...AA3 - 611 - 14
12ASNASNASNASN(chain A and (resid 3:6 or (resid 7 and (name...AA715
13ALAALAALAALA(chain A and (resid 3:6 or (resid 7 and (name...AA2 - 18910 - 197
14ALAALAALAALA(chain A and (resid 3:6 or (resid 7 and (name...AA2 - 18910 - 197
15ALAALAALAALA(chain A and (resid 3:6 or (resid 7 and (name...AA2 - 18910 - 197
16ALAALAALAALA(chain A and (resid 3:6 or (resid 7 and (name...AA2 - 18910 - 197
21ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 3:28 or (resid 29 and (name...BB3 - 2811 - 36
22TYRTYRTYRTYR(chain B and (resid 3:28 or (resid 29 and (name...BB2937
23ASNASNALAALA(chain B and (resid 3:28 or (resid 29 and (name...BB3 - 18911 - 197
24ASNASNALAALA(chain B and (resid 3:28 or (resid 29 and (name...BB3 - 18911 - 197
25ASNASNALAALA(chain B and (resid 3:28 or (resid 29 and (name...BB3 - 18911 - 197
26ASNASNALAALA(chain B and (resid 3:28 or (resid 29 and (name...BB3 - 18911 - 197

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor P / Translation elongation factor P


分子量: 21945.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: efp / プラスミド: AcbaC.17944.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5VBC5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG1 screen D4: 20% PEG 3350, 200mM KSCN; AcbaC.17944.a.B1.PW37730 at 18mg/ml; cryo: 15% EG ; tray 265235d4, puck ecq0-81

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.027 Å / Num. obs: 20641 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 56.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 20.33
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.360.5572.88199.5
2.36-2.420.4183.64198.6
2.42-2.490.3214.79198.9
2.49-2.570.2356.17199.7
2.57-2.660.1778.27198.8
2.66-2.750.13210.84199.1
2.75-2.850.11113.1199.6
2.85-2.970.07817.34199.4
2.97-3.10.06521.08198.9
3.1-3.250.0526.62199.4
3.25-3.430.04529.86199.2
3.43-3.640.04132.81199.2
3.64-3.890.03435.94199.1
3.89-4.20.03139.21199
4.2-4.60.02941.2199.4
4.6-5.140.02942.2199.3
5.14-5.940.02941.12198.4
5.94-7.270.0341.79198.8
7.27-10.290.02842.16195.6
10.29-500.03138.45170

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.25 Å45.02 Å
Translation2.25 Å45.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXdev_2356精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3a5z

3a5z


解像度: 2.3→45.027 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 2003 9.71 %
Rwork0.1933 --
obs0.1975 20634 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.56 Å2 / Biso mean: 69.2766 Å2 / Biso min: 29.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→45.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 3 32 2682
Biso mean--107.13 55.92 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693675
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5591613
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1517X-RAY DIFFRACTION7.391TORSIONAL
12B1517X-RAY DIFFRACTION7.391TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.35760.39711420.299413361478100
2.3576-2.42130.30471710.26491278144999
2.4213-2.49260.3541440.24861314145899
2.4926-2.5730.25631440.235513131457100
2.573-2.6650.31321250.23541343146899
2.665-2.77170.29181240.225713491473100
2.7717-2.89780.30321440.24113321476100
2.8978-3.05050.32551310.243713581489100
3.0505-3.24160.27521440.224913131457100
3.2416-3.49180.26871440.222913511495100
3.4918-3.8430.25661550.206213161471100
3.843-4.39870.21861420.151913521494100
4.3987-5.54030.17151410.142413621503100
5.5403-45.03560.18321520.17551314146695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1306-3.24450.28316.7951-0.09162.830.66080.2730.3683-0.5926-0.8202-0.24480.02940.45630.21580.69440.07020.06760.65210.25550.71689.139620.235510.7045
20.6476-0.50180.23014.9321-1.34911.5920.26921.17730.7921-0.38590.0518-0.3766-0.2940.0375-0.0150.47040.04290.08430.68610.23810.544923.7557-0.381613.0837
36.03772.5276-1.69094.1301-1.12364.9919-0.05340.23990.0219-0.3583-0.0450.01130.7449-0.00850.10350.38760.0566-0.03740.4316-0.03460.317414.4802-12.647322.4179
44.90886.0305-0.95568.1273-0.23411.2327-0.1845-0.11631.1104-1.01750.15950.9281-0.02-0.34540.15390.767-0.05090.02770.63790.27451.251921.2337-45.882556.5087
52.65091.4364-0.42984.7185-0.34341.7684-0.167-0.6617-0.71710.01580.0481-0.40870.15680.20370.18640.38310.0120.00930.49920.09090.462631.84-22.773452.0725
67.8403-1.83611.49373.1009-0.79275.3206-0.2411-0.2275-0.0760.1297-0.0471-0.046-0.6764-0.45310.24270.4466-0.0192-0.02540.3918-0.03270.327418.0814-12.233846.3013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 57 )A2 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 106 )A58 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 189 )A107 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 57 )B3 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 58 through 106 )B58 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 107 through 189 )B107 - 189

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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