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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j2a | ||||||
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タイトル | Ternary complex crystal structure of DNA polymerase Beta with A:C mismatch at the primer terminus | ||||||
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![]() | Transferase/DNA / DNA Polymerase Beta / mismatch extension / Ternary complex / Transferase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / response to gamma radiation / base-excision repair / spindle microtubule / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / microtubule / in utero embryonic development / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Batra, V.K. / Wilson, S.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of DNA Polymerase Mispaired DNA Termini Transitioning to Pre-catalytic Complexes Support an Induced-Fit Fidelity Mechanism. 著者: Batra, V.K. / Beard, W.A. / Pedersen, L.C. / Wilson, S.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 777.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 784.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5j0oC ![]() 5j0pC ![]() 5j0qC ![]() 5j0rC ![]() 5j0sC ![]() 5j0tC ![]() 5j0uC ![]() 5j0wC ![]() 5j0xC ![]() 5j0yC ![]() 5j29C ![]() 5j2bC ![]() 5j2cC ![]() 5j2dC ![]() 5j2eC ![]() 5j2fC ![]() 5j2gC ![]() 5j2hC ![]() 5j2iC ![]() 5j2jC ![]() 5j2kC ![]() 5tzvC ![]() 2fmsS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38241.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#2: DNA鎖 | 分子量: 4837.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3061.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 5種, 264分子 ![](data/chem/img/DUP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-DUP / | ||||||
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#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 16-18% PEG 3350, 50 mM Imidazole, 350 mM Sodium Acetate PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月8日 / 詳細: Viramax |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14492 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2FMS 解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 33.8768 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.06 Å2 / Biso mean: 27.1632 Å2 / Biso min: 1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: ACU.param |