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万見
- PDB-5izz: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5izz
タイトルCrystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157, Triple Surface Mutant K158A_K223A_K313A) in complex with metahydroxyphenylacetate, thermal exchange of ligand
要素TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 3-HYDROXYPHENYLACETATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag ...タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157, Triple Surface Mutant K158A_K223A_K313A) in complex with metahydroxyphenylacetate, thermal exchange of ligand
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5097
ポリマ－36,8261
非ポリマー6836
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.784, 84.275, 45.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN


分子量: 36826.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gene discovered by metagenome sequencing of ocean samples was synthesized by gibson synthesis. Surface mutants were prepared to potentially enhancing crystallization.
由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-3HP / 3-HYDROXYPHENYLACETATE / 3-ヒドロキシフェニル酢酸


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.83 % / Mosaicity: 1.162 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-Hydroxyphenylacetic acid, soak 30 minutes at 60 C); Reservoir (MCSG1 (A2), 0.1 M CHES pH 9.5, 30 %(w/v) PEG 3000); Cryoprotection (20% ...詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-Hydroxyphenylacetic acid, soak 30 minutes at 60 C); Reservoir (MCSG1 (A2), 0.1 M CHES pH 9.5, 30 %(w/v) PEG 3000); Cryoprotection (20% diethylene glycol, 80% reservoir)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 34550 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 8.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.167 / Net I/av σ(I): 22.091 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 143046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.632.80.26514700.8660.180.3220.90280.3
1.63-1.662.90.25215160.8970.1690.3050.92982.2
1.66-1.692.90.23315320.9130.1560.2820.93383.7
1.69-1.722.90.21515520.9320.1440.260.89585.7
1.72-1.762.90.19916140.9390.1320.240.96787.3
1.76-1.830.16816150.9560.1110.2020.90789.3
1.8-1.8530.16116860.9640.1060.1930.96291.5
1.85-1.930.13917330.9710.0910.1670.94893.5
1.9-1.953.10.11617040.9820.0760.1390.91194.8
1.95-2.023.10.10218000.9840.0660.1220.94296.8
2.02-2.093.30.08718040.9880.0550.1031.09298.3
2.09-2.173.60.08317960.9880.050.0971.20498.2
2.17-2.273.80.07218140.9930.0410.0831.21699
2.27-2.394.30.06418270.9950.0350.0731.23199.1
2.39-2.544.80.05918170.9960.0290.0661.18899.3
2.54-2.745.50.05418410.9960.0250.061.18299.7
2.74-3.016.60.04718380.9980.020.0511.20399.8
3.01-3.456.80.03718440.9990.0150.041.07799.9
3.45-4.346.70.03218560.9990.0130.0351.3100
4.34-1006.20.03518910.9990.0150.0391.77499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I7I

5i7i


解像度: 1.6→29.786 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1531 1724 5.01 %
Rwork0.1147 --
obs0.1166 34431 94.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.48 Å2 / Biso mean: 13.2012 Å2 / Biso min: 3.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→29.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 103 465 2966
Biso mean--14.66 26.29 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.993415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3951524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.64710.19211230.15072355247881
1.6471-1.70030.16931320.13812425255784
1.7003-1.7610.17131460.1312484263087
1.761-1.83150.16391540.12252601275590
1.8315-1.91490.15271450.12042679282493
1.9149-2.01580.16691410.11212778291996
2.0158-2.14210.16561580.10532845300398
2.1421-2.30740.14011500.10292870302099
2.3074-2.53950.12921380.10262883302199
2.5395-2.90670.13691490.111329093058100
2.9067-3.66110.15341430.111529223065100
3.6611-29.7910.15181450.118129563101100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0162-0.01510.49850.56590.01941.01670.03280.0746-0.1569-0.0957-0.0621-0.16360.04240.06380.03030.05110.00410.01710.050.00820.074915.7254-10.49293.1363
21.2949-0.9102-0.22932.12560.4620.8924-0.02480.0085-0.09320.04830.00610.06120.0485-0.10180.01790.0472-0.00920.00020.0523-0.00340.05322.5568-13.33788.3009
30.6367-0.31740.06260.8877-0.19850.5743-0.0023-0.010.00990.02170.00290.0382-0.0005-0.0435-0.0050.0424-0.00790.00010.0466-0.00430.0405-2.75264.613410.2574
41.6913-0.86470.18921.8694-0.26180.66750.0027-0.124-0.09040.0836-0.0654-0.22690.03540.09910.04680.06720.0017-0.01860.06890.02620.095117.513-13.12315.5444
52.5418-1.39752.57051.4909-1.60643.8177-0.01440.16660.18410.0065-0.1282-0.1705-0.06380.16180.13830.04390.00210.00710.05820.00910.060610.6637.94654.5754
60.4123-0.47380.07770.7704-0.16350.9599-0.1079-0.11460.0240.24040.07110.0065-0.0029-0.11360.02770.1292-0.01470.00890.0855-0.01920.0728-2.547210.240821.646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 65 )A25 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 95 )A66 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 96 through 237 )A96 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 238 through 264 )A238 - 264
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 265 through 288 )A265 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 289 through 342 )A289 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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