PDB-5iz2: Crystal structure of the N. clavipes spidroin NTD at pH 6.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iz2

タイトル

Crystal structure of the N. clavipes spidroin NTD at pH 6.5

要素

Major ampullate spidroin 1A
Major ampullate spidroin 1A (Partial C-terminus)

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

spidroin / major ampullate /

homodimer

機能・相同性

Spidroin, N-terminal domain /

Spidroin, N-terminal / Major ampullate spidroin 1, spider silk protein 1, N-term /

Spidroin, N-terminal domain superfamily /

Enzyme I; Chain A, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Major ampullate spidroin 1A

機能・相同性情報

生物種

Nephila clavipes (クモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Atkison, J.H. / Olsen, S.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Nephila clavipes Major Ampullate Spidroin 1A N-terminal Domain Reveals Plasticity at the Dimer Interface.
著者: Atkison, J.H. / Parnham, S. / Marcotte, W.R. / Olsen, S.K.

履歴

登録	2016年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iz2.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iz2.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iz2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5iz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5iz2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l2rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ltk-d 2uwd-d 5j9x-d 2yi0-d 5j64-d 1uye-d 3gg7-d 2ye8-d 2yke-d 2yjw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Major ampullate spidroin 1A

A: Major ampullate spidroin 1A

Z: Major ampullate spidroin 1A (Partial C-terminus)

30.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.480, 67.480, 90.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Major ampullate spidroin 1A 分子量: 14975.525 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 24-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nephila clavipes (クモ) / 遺伝子: MaSp1A / プラスミド: pGEX-6P2 / 詳細 (発現宿主): GST fusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: B5SYS5
#2: タンパク質・ペプチド	Major ampullate spidroin 1A (Partial C-terminus) 分子量: 325.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Chain Z consists of three residues thought to be part of the C-terminus of either Chain A or Chain B and is not a separate chain. It is unclear as to which chain these residues belong 由来: (組換発現) Nephila clavipes (クモ) / 遺伝子: MaSp1A / プラスミド: pGEX-6P2 / 詳細 (発現宿主): GST fusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: B5SYS5*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Authors have indicated that they don't know whether chain Z belongs to A or B chain. Ser-Tyr-Gly of ...Authors have indicated that they don't know whether chain Z belongs to A or B chain. Ser-Tyr-Gly of chain Z represents a C-terminal portion of entity belonging to B and A

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.1 % / 解説: Cubic
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 29% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→100 Å / Num. obs: 16120 / % possible obs: 98.23 % / 冗長度: 10.81 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 21.71
反射シェル	解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 11.06 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 5.57 / % possible all: 94.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3L2R

3l2r

解像度: 2.02→35.741 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 18.76

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2049	1561	9.87 %	random selection
R_work	0.1644	-	-	-
obs	0.1685	15808	98.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→35.741 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1836	0	0	120	1956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	2515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.492	667
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.0852	0.2325	132	0.1691	1227	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0852-2.1597	0.2242	143	0.1601	1220	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1597-2.2461	0.2027	140	0.1523	1277	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2461-2.3483	0.2188	134	0.1585	1270	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3483-2.4721	0.237	140	0.1622	1264	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4721-2.627	0.2187	144	0.1753	1284	X-RAY DIFFRACTION	99
2.627-2.8297	0.23	141	0.1761	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8297-3.1143	0.2073	140	0.1785	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1143-3.5646	0.2206	142	0.1664	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5646-4.4897	0.1787	148	0.1449	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4897-35.7468	0.1833	157	0.1713	1397	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1117	-0.0443	0.1456	0.221	-0.0163	0.2312	0.0674	0.0426	0.1055	0.0235	0.0247	0.0756	-0.1717	-0.0405	0.0271	0.2141	0.066	-0.0179	0.1907	0.0156	0.2339	21.057	18.0454	7.9963
2	1.3591	0.0484	0.5762	0.2738	0.3643	0.874	-0.0431	-0.2667	0.0223	0.0271	-0.1095	-0.2187	-0.0349	-0.0893	-0.3507	0.2057	0.0572	-0.0253	0.1233	0.0639	0.2619	27.0964	11.4291	15.1556
3	0.0514	-0.0559	-0.0021	1.4562	1.1747	1.0535	0.1564	0.3225	-0.134	-0.4312	0.1899	-0.362	-0.1744	0.1479	0.4298	0.2561	0.0352	-0.0376	0.2157	-0.0008	0.252	26.7317	8.6883	5.8221
4	0.2528	-0.1781	0.0162	0.1398	0.0379	0.0714	-0.0447	-0.2143	0.0216	0.009	0.1094	0.1798	0.0894	-0.082	0.0002	0.2433	0.0344	-0.0346	0.285	0.0271	0.2399	11.9792	12.8633	6.3468
5	0.8371	0.6488	-0.2927	2.5392	-0.5992	0.1892	0.0992	0.2574	-0.4451	-0.3655	-0.011	-0.1264	0.1333	-0.056	0.1573	0.1753	0.0448	-0.1284	0.1116	-0.0239	0.1727	14.8891	5.9138	0.1433
6	0.0053	0.0064	0.0023	0.0063	-0.0005	0.0055	0.0392	-0.1286	-0.0704	-0.009	0.0499	0.0206	-0.1226	-0.0032	0	0.2232	0.0022	-0.0366	0.1913	0.0025	0.2373	22.2745	-8.8341	20.2209
7	0.3648	-0.186	0.1923	0.3536	0.2386	0.4243	0.2143	0.092	0.171	-0.0505	-0.0382	-0.2637	-0.0424	0.0069	0.077	0.2285	0.0471	-0.0054	0.133	0.0216	0.2012	34.358	-0.8454	15.1999
8	1.6634	-0.5169	-0.1474	0.1747	0.085	0.0213	0.1389	0.6991	0.0472	-0.3422	-0.1401	-0.0292	-0.0161	-0.0907	-0.0141	0.3247	0.0343	-0.0506	0.2811	-0.0165	0.2359	29.3565	-4.8891	6.9919
9	0.1909	-0.0221	-0.0816	0.0512	-0.0246	0.0766	0.043	0.4353	-0.0752	-0.2206	-0.0448	0.102	-0.2387	-0.0306	0.1343	0.5268	0.0099	-0.3335	0.5224	-0.1013	0.2305	22.7849	-6.2726	2.312
10	0.0084	0.0187	0.0009	0.0421	-0.001	0.0052	0.0346	-0.0201	-0.0198	0.0474	0.0725	0.0807	0.0737	-0.0853	0.0004	0.4493	0.1288	-0.14	0.7033	0.108	0.5311	2.0772	14.2002	8.5896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 6 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 35 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 59 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 84 through 109 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 110 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 6 through 12 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 13 through 62 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 63 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 110 through 128 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'Z' and (resid -5 through -3 )

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