PDB-5iyn: Protruding domain of GII.4 human norovirus CHDC2094

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iyn

タイトル

Protruding domain of GII.4 human norovirus CHDC2094

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Virus capsid / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GII.4/CHDC2094/1974/US (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Four decades of structural evolution of GII.4 norovirus
著者: Singh, B.K. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2016年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iyn.cif.gz	236.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iyn.ent.gz	190.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iyn_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iyn_full_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示
XML形式データ	5iyn_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	5iyn_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/5iyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/5iyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iypC 5iyqC 5konC 5lfeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ops-d 4wze-d 5lfe-d 4wzl-d 3skb-2 6wte-1 5iyp-d 4oox-1 3ry8-d 4x05-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.190, 105.920, 135.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1010- HOH

#1: タンパク質	VP1 分子量: 33742.633 Da / 分子数: 2 / 断片: P DOMAIN (UNP residues 225-530) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/CHDC2094/1974/US (ウイルス) プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0QJ68
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: Sodium citrate, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月27日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→48.14 Å / Num. obs: 92170 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 15.17 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/av σ(I): 13.89 / Net I/σ(I): 14.04

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.59		0.792	2.46	1	95.7
1.59-1.63		0.66	3.28	1	97.4
1.63-1.68		0.504	4.46	1	98.8
1.68-1.73		0.402	5.57	1	98.9
1.73-1.78		0.316	6.91	1	98.9
1.78-1.85		0.246	8.46	1	99.3
1.85-1.92		0.192	10	1	99.1
1.92-1.99		0.15	11.7	1	99
1.99-2.08		0.114	13.65	1	98.2
2.08-2.19		0.098	15.38	1	98.7
2.19-2.3		0.082	17.67	1	97.1
2.3-2.44		0.073	19.77	1	98.3
2.44-2.61		0.065	21.75	1	98.2
2.61-2.82		0.057	23.83	1	98
2.82-3.09		0.048	26.23	1	97.7
3.09-3.46		0.042	29.42	1	97.6
3.46-3.99		0.04	31.13	1	96.4
3.99-4.89		0.038	33.84	1	95.4
4.89-6.91		0.04	34.59	1	96.7
	6.91	0.039	33.92	1	92.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.23 Å	48.14 Å
Translation	7.23 Å	48.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IYN

解像度: 1.56→48.137 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1752	4485	5 %
R_work	0.1517	-	-
obs	0.1528	89726	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.36 Å² / B_iso mean: 19.4887 Å² / B_iso min: 6.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.56→48.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4682	0	36	621	5339
B_iso mean	-	-	27.71	28.33	-
残基数	-	-	-	-	609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.286	6722
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	887
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.547	1747

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.56-1.5777	0.4203	147	0.3749	2798	2945	99
1.5777-1.5963	0.3852	149	0.3377	2837	2986	98
1.5963-1.6158	0.3898	147	0.3079	2793	2940	98
1.6158-1.6362	0.3124	146	0.2733	2777	2923	97
1.6362-1.6577	0.2832	151	0.2297	2855	3006	99
1.6577-1.6805	0.2442	148	0.2109	2810	2958	99
1.6805-1.7045	0.2267	150	0.1871	2851	3001	99
1.7045-1.7299	0.1992	150	0.182	2864	3014	99
1.7299-1.7569	0.2018	148	0.1634	2807	2955	99
1.7569-1.7857	0.2017	151	0.1598	2859	3010	99
1.7857-1.8165	0.1923	148	0.1592	2821	2969	99
1.8165-1.8496	0.1851	151	0.1527	2859	3010	99
1.8496-1.8851	0.1767	149	0.1488	2848	2997	99
1.8851-1.9236	0.1814	150	0.1451	2850	3000	99
1.9236-1.9655	0.1548	152	0.1421	2875	3027	99
1.9655-2.0112	0.1708	150	0.1369	2852	3002	99
2.0112-2.0615	0.1479	150	0.1367	2849	2999	98
2.0615-2.1172	0.163	149	0.1377	2828	2977	98
2.1172-2.1795	0.1758	149	0.1332	2831	2980	99
2.1795-2.2499	0.1572	149	0.1312	2840	2989	98
2.2499-2.3303	0.165	146	0.1335	2777	2923	96
2.3303-2.4236	0.1407	151	0.138	2867	3018	98
2.4236-2.5339	0.1663	149	0.1379	2840	2989	98
2.5339-2.6674	0.1875	150	0.1445	2853	3003	98
2.6674-2.8346	0.1816	150	0.1536	2855	3005	98
2.8346-3.0534	0.1846	150	0.1566	2844	2994	98
3.0534-3.3606	0.1803	151	0.1448	2871	3022	98
3.3606-3.8467	0.1531	149	0.1345	2838	2987	96
3.8467-4.8457	0.1186	150	0.1222	2850	3000	96
4.8457-48.1604	0.1488	155	0.1445	2942	3097	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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