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- PDB-5iy2: Structure of apo OXA-143 carbapenemase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iy2
タイトルStructure of apo OXA-143 carbapenemase
要素Beta-lactamase OXA-143
キーワードHYDROLASE / Antibiotic resistance / carbapenemase / enzyme kinetics / mechanism of resistance
機能・相同性Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Beta-lactamase OXA-143
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI114668 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: The role of conserved surface hydrophobic residues in the carbapenemase activity of the class D beta-lactamases.
著者: Toth, M. / Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Stewart, N.K. / Maltz, L. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-143
B: Beta-lactamase OXA-143
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9414
ポリマ－54,7572
非ポリマー1842
水10,449580
1
A: Beta-lactamase OXA-143
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5633
ポリマ－27,3781
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase OXA-143


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3781
ポリマ－27,3781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.955, 62.333, 87.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase OXA-143


分子量: 27378.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: bla-OXA-143 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0UHC8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→36.625 Å / Num. obs: 150305 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.45
反射 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 87.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→36.625 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.27
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1606 7380 4.91 %random
Rwork0.1362 ---
obs0.1374 150305 96.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→36.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3840 0 12 588 4440
Biso mean--16.48 30.54 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.825510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2331574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.16310.27192030.24544305X-RAY DIFFRACTION87
1.1631-1.17680.262240.22444687X-RAY DIFFRACTION95
1.1768-1.19110.23741980.22164530X-RAY DIFFRACTION93
1.1911-1.20620.24852730.20514692X-RAY DIFFRACTION96
1.2062-1.22210.2042510.1874670X-RAY DIFFRACTION96
1.2221-1.23880.20262630.18014708X-RAY DIFFRACTION96
1.2388-1.25650.19772790.1744676X-RAY DIFFRACTION97
1.2565-1.27530.19292700.17434743X-RAY DIFFRACTION97
1.2753-1.29520.21462250.16324725X-RAY DIFFRACTION97
1.2952-1.31640.18582200.16384831X-RAY DIFFRACTION97
1.3164-1.33910.18662530.15454758X-RAY DIFFRACTION97
1.3391-1.36350.17692380.14654689X-RAY DIFFRACTION96
1.3635-1.38970.18742390.14534658X-RAY DIFFRACTION95
1.3897-1.41810.16412520.12864792X-RAY DIFFRACTION98
1.4181-1.44890.17162320.1254839X-RAY DIFFRACTION98
1.4489-1.48260.16042710.12084787X-RAY DIFFRACTION98
1.4826-1.51970.14642640.11324834X-RAY DIFFRACTION98
1.5197-1.56080.15532340.11374836X-RAY DIFFRACTION98
1.5608-1.60670.13992430.11144809X-RAY DIFFRACTION98
1.6067-1.65860.14292430.10764843X-RAY DIFFRACTION98
1.6586-1.71790.13052480.11394652X-RAY DIFFRACTION95
1.7179-1.78660.14592530.11764856X-RAY DIFFRACTION98
1.7866-1.8680.15212540.11994885X-RAY DIFFRACTION99
1.868-1.96640.15952620.12124864X-RAY DIFFRACTION99
1.9664-2.08960.13012520.11864854X-RAY DIFFRACTION99
2.0896-2.25090.14182220.12534902X-RAY DIFFRACTION99
2.2509-2.47740.17982510.13574722X-RAY DIFFRACTION96
2.4774-2.83580.16532460.15094915X-RAY DIFFRACTION99
2.8358-3.57230.15792730.13494914X-RAY DIFFRACTION99
3.5723-36.6440.13372440.13044949X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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