PDB-5ix8: Crystal structure of sugar ABC transport system, substrate-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ix8

タイトル

Crystal structure of sugar ABC transport system, substrate-binding protein from Bordetella parapertussis 12822

要素

Putative sugar ABC transport system, substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter / solute binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chang, C. / Cuff, M. / Joachimiak, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of sugar ABC transport system, substrate-binding protein from Bordetella parapertussis 12822
著者: Chang, C. / Cuff, M. / Joachimiak, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2016年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ix8.cif.gz	265.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ix8.ent.gz	221.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ix8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ix8_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ix8_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	5ix8_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	5ix8_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ix8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ix8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6b4w-d 2iq7-5 3cg1-1 6d5u-d 3t74-d 5tac-d 5l8p-d 6qar-d 1os0-d 1mru-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC110229

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative sugar ABC transport system, substrate-binding protein

B: Putative sugar ABC transport system, substrate-binding protein

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative sugar ABC transport system, substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative sugar ABC transport system, substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.557, 78.719, 66.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.830, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative sugar ABC transport system, substrate-binding protein 分子量: 34972.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella parapertussis (strain 12822 / ATCC BAA-587 / NCTC 13253) (パラ百日咳菌) 株: 12822 / ATCC BAA-587 / NCTC 13253 / 遺伝子: BPP2773 / プラスミド: pMCSG68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q7W6X1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Ammonium sulfate, Tris-Cl, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979291 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月4日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979291 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 101987 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.756 / Net I/av σ(I): 16.953 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 453878

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.46-1.49	2.6	1.18	4912	0.375	0.803	1.438	0.75	95.2
1.49-1.51	3.2	1.079	5070	0.429	0.672	1.279	0.76	99.3
1.51-1.54	3.8	1.085	5045	0.572	0.61	1.25	0.754	99.9
1.54-1.57	4.3	0.99	5110	0.632	0.52	1.122	0.762	100
1.57-1.61	4.5	0.861	5135	0.728	0.438	0.97	0.816	100
1.61-1.64	4.6	0.728	5128	0.803	0.362	0.816	0.809	99.9
1.64-1.69	4.7	0.638	5082	0.817	0.315	0.714	0.819	100
1.69-1.73	4.7	0.514	5091	0.88	0.253	0.575	0.854	99.9
1.73-1.78	4.7	0.397	5155	0.922	0.195	0.443	0.83	99.9
1.78-1.84	4.8	0.302	5093	0.944	0.148	0.338	0.858	100
1.84-1.91	4.8	0.23	5130	0.959	0.113	0.257	0.85	99.8
1.91-1.98	4.8	0.166	5096	0.973	0.082	0.186	0.85	99.7
1.98-2.07	4.8	0.129	5101	0.981	0.064	0.144	0.823	99.5
2.07-2.18	4.8	0.098	5100	0.986	0.049	0.11	0.786	99.4
2.18-2.32	4.8	0.078	5102	0.988	0.039	0.087	0.711	99.3
2.32-2.5	4.8	0.064	5118	0.99	0.032	0.072	0.679	99.3
2.5-2.75	4.7	0.056	5100	0.99	0.029	0.064	0.678	99.5
2.75-3.15	4.6	0.044	5129	0.993	0.023	0.05	0.584	99.3
3.15-3.96	4.5	0.035	5170	0.994	0.019	0.04	0.468	99.5
3.96-50	4.5	0.041	5120	0.993	0.022	0.046	0.643	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→24.983 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1808	3815	4.9 %
R_work	0.1395	-	-
obs	0.1415	77787	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.53 Å² / B_iso mean: 17.6962 Å² / B_iso min: 7.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→24.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4839	0	64	578	5481
B_iso mean	-	-	22.33	29.41	-
残基数	-	-	-	-	639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5079
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	6924
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	782
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	906
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.128	3059

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6203	0.2631	132	0.1774	2487	2619	90
1.6203-1.6416	0.2466	131	0.1576	2633	2764	96
1.6416-1.6641	0.2038	136	0.1552	2694	2830	98
1.6641-1.6878	0.2377	160	0.1479	2727	2887	99
1.6878-1.713	0.2003	138	0.1419	2762	2900	100
1.713-1.7398	0.2039	120	0.1366	2764	2884	100
1.7398-1.7683	0.1923	153	0.1313	2740	2893	100
1.7683-1.7988	0.2162	140	0.1253	2795	2935	100
1.7988-1.8315	0.2079	127	0.1265	2757	2884	100
1.8315-1.8667	0.191	142	0.1247	2771	2913	100
1.8667-1.9048	0.1786	145	0.1241	2734	2879	100
1.9048-1.9462	0.1754	144	0.1211	2738	2882	100
1.9462-1.9914	0.1768	160	0.1273	2754	2914	100
1.9914-2.0412	0.1635	146	0.121	2742	2888	99
2.0412-2.0964	0.2014	162	0.1228	2749	2911	100
2.0964-2.158	0.1703	170	0.1239	2729	2899	99
2.158-2.2276	0.166	136	0.1248	2730	2866	99
2.2276-2.3072	0.175	129	0.1282	2762	2891	99
2.3072-2.3995	0.1916	144	0.1344	2770	2914	99
2.3995-2.5086	0.1864	124	0.1412	2757	2881	99
2.5086-2.6408	0.176	136	0.1414	2751	2887	100
2.6408-2.806	0.175	138	0.1463	2766	2904	99
2.806-3.0223	0.1678	129	0.1446	2763	2892	99
3.0223-3.3258	0.1789	148	0.1481	2769	2917	99
3.3258-3.8056	0.1626	138	0.1395	2789	2927	100
3.8056-4.7892	0.1614	146	0.1341	2765	2911	99
4.7892-24.9864	0.1856	141	0.176	2774	2915	97

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