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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iwy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Bacillus subtitis complexed with CMP and Mg2+ | ||||||
要素 | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
キーワード | LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Z.C. / Jin, Y. / Wang, G.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018 タイトル: Crystal structure of IspF from Bacillus subtilis and absence of protein complex assembly among IspD/IspE/IspF enzymes in the MEP pathway. 著者: Liu, Z.C. / Jin, Y. / Liu, W.F. / Tao, Y. / Wang, G.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iwy.cif.gz | 194.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iwy.ent.gz | 154.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iwy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17147.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: ispF, yacN, BSU00910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q06756, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-C5P / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25mM Tris-HCl PH8.0, 0.1M NaCl, 0.1M Magnesium formate dihydrate, 12-15% w/v PEG 3350, 5mM CMP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 57544 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1T0A 解像度: 1.99→29.212 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.201 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.394 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→29.212 Å
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拘束条件 |
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