PDB-5ivk: The alpha-esterase-7 carboxylesterase, E3, from the blowfly Lucil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ivk

タイトル

The alpha-esterase-7 carboxylesterase, E3, from the blowfly Lucilia cuprina: phosphorylated-enzyme ensemble refinement

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / carboxylesterase / organophosphate / protein dynamics / acetylcholinesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / serine hydrolase activity / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Correy, G.J. / Jackson, C.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Mapping the Accessible Conformational Landscape of an Insect Carboxylesterase Using Conformational Ensemble Analysis and Kinetic Crystallography.
著者: Correy, G.J. / Carr, P.D. / Meirelles, T. / Mabbitt, P.D. / Fraser, N.J. / Weik, M. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2016年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ivk.cif.gz	17 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ivk.ent.gz	15 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ivk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ivk_validation.pdf.gz	792 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ivk_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5ivk_validation.xml.gz	912.5 KB	表示
CIF形式データ	5ivk_validation.cif.gz	1.4 MB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/5ivk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/5ivk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qwmC 4ubiC 4ubjC 4ubkC 4ublC 4ubmC 4ubnC 4uboC 4w1pC 4w1qC 4w1rC 4w1sC 5ch3C 5ch5C 5ivdC 5ivhC 5iviC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ubm-d 4fng-d 4qwm-d 4w1q-d 4ubi-d 4ubk-d 5tyj-d 5ehx-d 4ubl-d 5ch5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

66.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.816, 101.254, 225.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

モデル数

43

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-829- HOH
2	2	A-1025- HOH
3	3	A-1004- HOH
4	3	A-1035- HOH
5	4	A-1020- HOH
6	4	A-1039- HOH
7	5	A-1022- HOH
8	5	A-1057- HOH
9	6	A-1015- HOH
10	6	A-1028- HOH
11	7	A-756- HOH
12	8	A-962- HOH
13	9	A-766- HOH
14	10	A-836- HOH
15	11	A-960- HOH
16	11	A-1034- HOH
17	12	A-752- HOH
18	13	A-968- HOH
19	14	A-769- HOH
20	17	A-783- HOH
21	18	A-742- HOH
22	19	A-716- HOH
23	19	A-1018- HOH
24	20	A-779- HOH
25	20	A-1088- HOH
26	21	A-955- HOH
27	22	A-838- HOH
28	23	A-752- HOH
29	24	A-912- HOH
30	25	A-1004- HOH
31	26	A-727- HOH
32	27	A-879- HOH
33	28	A-833- HOH
34	29	A-749- HOH
35	30	A-943- HOH
36	31	A-824- HOH
37	32	A-762- HOH
38	33	A-887- HOH
39	38	A-925- HOH
40	39	A-966- HOH
41	40	A-792- HOH
42	41	A-969- HOH
43	42	A-909- HOH
44	43	A-737- HOH

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 66432.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-DPF / DIETHYL HYDROGEN PHOSPHATE / りん酸ジエチル分子量: 154.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₄H₁₁O₄P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM sodium acetate pH 4.5, PEG 2K MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8266 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→42 Å / Num. obs: 89882 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.53→42.01 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	4499	5.01 %
R_work	0.181	-	-
obs	0.183	89888	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→42.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4557	0	8	399	4964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.88
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.5474	0.3189	137	0.2918	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5474-1.5656	0.3088	139	0.2831	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5656-1.5847	0.3117	137	0.2685	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5847-1.6048	0.2957	154	0.2507	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6048-1.6259	0.3134	152	0.2422	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6259-1.6481	0.2842	150	0.2304	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6481-1.6717	0.2876	156	0.2251	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6717-1.6966	0.2942	162	0.2235	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6966-1.7232	0.2649	159	0.2141	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7232-1.7514	0.2641	154	0.2008	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7514-1.7816	0.254	160	0.1934	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7816-1.814	0.2487	167	0.1961	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.814-1.8489	0.2483	156	0.1893	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8489-1.8866	0.2308	149	0.1984	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8866-1.9277	0.2849	134	0.1988	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9277-1.9725	0.2043	144	0.1904	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9725-2.0218	0.244	178	0.1862	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0218-2.0765	0.2401	146	0.1803	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0765-2.1376	0.2173	138	0.1835	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1376-2.2066	0.2326	130	0.1788	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2066-2.2854	0.2397	146	0.1824	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2854-2.3769	0.208	143	0.1826	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3769-2.4851	0.262	148	0.1774	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4851-2.6161	0.2036	159	0.1755	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6161-2.78	0.1938	144	0.1695	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.9946	0.2148	144	0.1738	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9946-3.2958	0.2278	148	0.1782	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2958-3.7725	0.1908	137	0.1689	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7725-4.7519	0.1596	154	0.1483	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7519-42.025	0.1742	174	0.1507	3029	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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