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万見
- PDB-5itt: Crystal Structure of Human NEIL1 bound to duplex DNA containing THF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5itt
タイトルCrystal Structure of Human NEIL1 bound to duplex DNA containing THF
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Endonuclease 8-like 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / NEIL1 DNA Glycosylase base excision repair Fpg Nei / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / base-excision repair / chromosome / response to oxidative stress / damaged DNA binding / centrosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Endonuclease VIII-like 1, DNA binding / Endonuclease VIII-like 1, DNA bind / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain ...Endonuclease VIII-like 1, DNA binding / Endonuclease VIII-like 1, DNA bind / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease 8-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Zhu, C. / Lu, L. / Zhang, J. / Yue, Z. / Song, J. / Zong, S. / Liu, M. / Stovicek, O. / Gao, Y. / Yi, C.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Foundation of China2014CB964900 中国
National Natural Science Foundation of China31270838 中国
National Natural Science Foundation of China21522201 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Tautomerization-dependent recognition and excision of oxidation damage in base-excision DNA repair
著者: Zhu, C. / Lu, L. / Zhang, J. / Yue, Z. / Song, J. / Zong, S. / Liu, M. / Stovicek, O. / Gao, Y.Q. / Yi, C.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 8-like 1
B: Endonuclease 8-like 1
C: Endonuclease 8-like 1
D: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7768
ポリマ－158,5916
非ポリマー1842
水3,279182
1
A: Endonuclease 8-like 1
D: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9673
ポリマ－52,8742
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
2
B: Endonuclease 8-like 1
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9353
ポリマ－52,8422
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15960 Å2
手法PISA
3
C: Endonuclease 8-like 1
F: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8742
ポリマ－52,8742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.864, 108.751, 171.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease 8-like 1 / DNA glycosylase/AP lyase Neil1 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase Neil1 / Endonuclease ...DNA glycosylase/AP lyase Neil1 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase Neil1 / Endonuclease VIII-like 1 / FPG1 / Nei homolog 1 / NEH1 / Nei-like protein 1


分子量: 44925.371 Da / 分子数: 3 / 変異: K242R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEIL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96FI4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7949.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7917.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M cacodylic acid (pH 7.0), 0.1 M NaCl, 0.05 M MgCl2 and 24% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→91.81 Å / Num. obs: 43613 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.23
反射 シェル解像度: 2.53→2.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TDH

1tdh


解像度: 2.53→81.81 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27788 2318 5 %RANDOM
Rwork0.21016 ---
obs0.21352 43613 97.88 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→81.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 1546 12 182 8033
LS精密化 シェル解像度: 2.529→2.595 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 146 -
Rwork0.311 2557 -
obs--79.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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