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- PDB-5isw: Structure of the apo PCP-E didomain of the gramicidin S synthetase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5isw
タイトルStructure of the apo PCP-E didomain of the gramicidin S synthetase A
要素Gramicidin S synthase 1
キーワードISOMERASE / Epimerization domain / NRPS / gramicidin S synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing) / phenylalanine racemase (ATP-hydrolyzing) activity / : / ligase activity / antibiotic biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase ...Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gramicidin S synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chen, W.-H. / Li, K. / Bruner, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1411991 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Interdomain and Intermodule Organization in Epimerization Domain Containing Nonribosomal Peptide Synthetases.
著者: Chen, W.H. / Li, K. / Guntaka, N.S. / Bruner, S.D.
履歴
登録2016年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gramicidin S synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3312
ポリマ－67,2391
非ポリマー921
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.770, 57.637, 61.384
Angle α, β, γ (deg.)65.72, 65.47, 84.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Gramicidin S synthase 1 / Gramicidin S synthase I


分子量: 67238.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: grsA, grs1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C062, phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M KBr, 22% PEG MME-5000, 5% glycerol, and 100 mM TrisHCl pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→37.48 Å / Num. obs: 59630 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 18.02
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSOSX10.9.5_Darwin13.4.0データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化解像度: 1.75→34.001 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 1990 3.34 %
Rwork0.1691 --
obs0.1702 59627 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→34.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4455 0 6 470 4931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0646222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.051722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7496-1.79330.23291300.21263963X-RAY DIFFRACTION93
1.7933-1.84180.22451410.20044033X-RAY DIFFRACTION96
1.8418-1.8960.24861410.19644077X-RAY DIFFRACTION96
1.896-1.95720.24261440.19144097X-RAY DIFFRACTION97
1.9572-2.02710.24791460.17914077X-RAY DIFFRACTION97
2.0271-2.10830.20241370.17614112X-RAY DIFFRACTION97
2.1083-2.20420.24751410.17284125X-RAY DIFFRACTION97
2.2042-2.32040.20381470.17024133X-RAY DIFFRACTION98
2.3204-2.46570.23921410.18114123X-RAY DIFFRACTION98
2.4657-2.65610.25181470.18284170X-RAY DIFFRACTION98
2.6561-2.92320.22591410.18644183X-RAY DIFFRACTION98
2.9232-3.34590.21841450.17314172X-RAY DIFFRACTION99
3.3459-4.21420.15481450.14984189X-RAY DIFFRACTION99
4.2142-34.00710.14941440.14514183X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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