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- PDB-5iro: Crystal structure of a complex between the Human adenovirus type ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iro
タイトルCrystal structure of a complex between the Human adenovirus type 4 E3-19K protein and MHC class molecule HLA-A2/TAX
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • E3 19 kDa protein
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • TAX protein
キーワードImmune system/transcription / Ad4 E3-19K-HLA-A2 COMPLEX / IMMUNE EVASION FUNCTION / MHC CLASS I MOLECULE / Immune system-transcription complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / : / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / : / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / D-mannose binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / CD8 receptor binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / T cell receptor binding / regulation of mRNA stability / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / SH3 domain binding / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / antibacterial humoral response / ER-Phagosome pathway / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / host cell cytoplasm / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3530 / Adenovirus Gp19K / Adenovirus Gp19K superfamily / Adenovirus GP19K / HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Immunoglobulin-like - #3530 / Adenovirus Gp19K / Adenovirus Gp19K superfamily / Adenovirus GP19K / HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Protein Tax-1 / Beta-2-microglobulin / X protein / Early E3 18.5 kDa glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human adenovirus E serotype 4 (ヒトアデノウイルス)
Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Li, L. / Bouvier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI108546 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Adenovirus Type 4 (Species E) E3-19K/HLA-A2 Complex Reveals Species-Specific Features in MHC Class I Recognition.
著者: Li, L. / Santarsiero, B.D. / Bouvier, M.
履歴
登録2016年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: TAX protein
C: Beta-2-microglobulin
D: E3 19 kDa protein
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
F: TAX protein
G: Beta-2-microglobulin
H: E3 19 kDa protein
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
J: TAX protein
K: Beta-2-microglobulin
L: E3 19 kDa protein
M: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
N: TAX protein
O: Beta-2-microglobulin
P: E3 19 kDa protein
Q: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
R: TAX protein
S: Beta-2-microglobulin
T: E3 19 kDa protein
U: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
V: TAX protein
W: Beta-2-microglobulin
X: E3 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,18824
ポリマ－343,18824
非ポリマー00
水72140
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: TAX protein
C: Beta-2-microglobulin
D: E3 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1984
ポリマ－57,1984
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
F: TAX protein
G: Beta-2-microglobulin
H: E3 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1984
ポリマ－57,1984
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
J: TAX protein
K: Beta-2-microglobulin
L: E3 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1984
ポリマ－57,1984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
N: TAX protein
O: Beta-2-microglobulin
P: E3 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1984
ポリマ－57,1984
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
Q: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
R: TAX protein
S: Beta-2-microglobulin
T: E3 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1984
ポリマ－57,1984
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
U: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
V: TAX protein
W: Beta-2-microglobulin
X: E3 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1984
ポリマ－57,1984
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.727, 165.727, 122.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
詳細Tetramer confirmed by FPLC gel filtration

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要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: PlysS / 詳細 (発現宿主): PlysS / Cell (発現宿主): BL21(DE3)PLYsS / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 器官 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 組織 (発現宿主): Escherichia coli / Variant (発現宿主): Escherichia coli / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
TAX protein


分子量: 1070.280 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Human T-cell lymphotropic virus type 1, HTLV-1 TAX
由来: (合成) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q80817, UniProt: P14079*PLUS
#3: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質
E3 19 kDa protein


分子量: 12394.115 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus E serotype 4 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: E3
発現宿主: Human adenovirus 4 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: Q8BEL5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % / 解説: Tween crystal Size 0.15X0.07X0.05mm
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.5M (NH4)2SO4,0.1M Bis-Tris pH6.5, 0.1MNaCI / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.47
反射解像度: 2.64→100 Å / Num. obs: 110878 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HLA-A2

解像度: 2.64→49.625 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 29.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2883 1984 1.79 %
Rwork0.2568 --
obs0.2589 110878 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→49.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22999 0 0 40 23039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00623695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23732079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8598617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6418-2.70780.37991430.32377749X-RAY DIFFRACTION98
2.7078-2.7810.34971360.3067768X-RAY DIFFRACTION98
2.781-2.86280.35611420.2927816X-RAY DIFFRACTION98
2.8628-2.95510.31381380.28067717X-RAY DIFFRACTION98
2.9551-3.06070.321320.27087768X-RAY DIFFRACTION98
3.0607-3.18310.26871440.26587822X-RAY DIFFRACTION98
3.1831-3.32790.27281480.27017734X-RAY DIFFRACTION98
3.3279-3.50320.31521420.26187725X-RAY DIFFRACTION98
3.5032-3.72240.29991460.25427751X-RAY DIFFRACTION98
3.7224-4.00940.28341450.23937731X-RAY DIFFRACTION98
4.0094-4.41220.26251460.24147788X-RAY DIFFRACTION98
4.4122-5.04890.28541440.23227765X-RAY DIFFRACTION98
5.0489-6.35450.28691460.25727734X-RAY DIFFRACTION98
6.3545-34.3520.24291310.25397791X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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