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- PDB-5ira: Expanding Nature's Catalytic Repertoire -Directed Evolution of an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ira
タイトルExpanding Nature's Catalytic Repertoire -Directed Evolution of an Artificial Metalloenzyme for In Vivo Metathesis
要素Artificial Metathesase
キーワードbiotin-binding protein / beta barrel / metathesis / organometallic complex
機能・相同性Avidin-like / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-9RU
機能・相同性情報
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Heinisch, T. / Jeschek, M. / Reuter, R. / Trindler, C. / Panke, S. / Ward, T.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Directed evolution of artificial metalloenzymes for in vivo metathesis.
著者: Jeschek, M. / Reuter, R. / Heinisch, T. / Trindler, C. / Klehr, J. / Panke, S. / Ward, T.R.
履歴
登録2016年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Artificial Metathesase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2902
ポリマ－16,5701
非ポリマー7201
水1,17165
1
A: Artificial Metathesase
ヘテロ分子

A: Artificial Metathesase
ヘテロ分子

A: Artificial Metathesase
ヘテロ分子

A: Artificial Metathesase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1598
ポリマ－66,2804
非ポリマー2,8794
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.496, 57.496, 183.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Artificial Metathesase


分子量: 16570.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-9RU / [1-[4-[[5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]methyl]-2,6-dimethyl-phenyl]-3-(2,4,6-trimethylphenyl)-4,5-dihydroimidazol-1-ium-2-yl]-bis(chloranyl)ruthenium


分子量: 719.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H41Cl2N5O2RuS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.5 M AmSO4, 0.1 M Na acetate, pH4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999989 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→45.85 Å / Num. obs: 25264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 1.228 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QCB

2qcb


解像度: 1.5→45.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.995 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 1269 5 %RANDOM
Rwork0.135 ---
obs0.137 23966 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数913 0 42 65 1020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.021009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6751.9591390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.00231943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8295127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.04924.14641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64215133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.973154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1860.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9012.291493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8622.281492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.553.431616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5483.44617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6462.677515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2312.603462
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0573.757693
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.26120.2511179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.19319.1421099
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.68331854
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.014523
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.15351869
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 85 -
Rwork0.192 1741 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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