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- PDB-5ir2: Crystal structure of novel cellulases from microbes associated wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ir2
タイトルCrystal structure of novel cellulases from microbes associated with the gut ecosystem
要素Cellulase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / novel cellulases
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S,R MESO-TARTARIC ACID / Regulator of ribonuclease activity homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Parabacteroides johnsonii DSM 18315 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.079 Å
データ登録者Chang, C. / Mack, J. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of novel cellulases from microbes associated with the gut ecosystem
著者: Chang, C. / Mack, J. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2016年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2265
ポリマ－25,7451
非ポリマー4824
水3,567198
1
A: Cellulase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,35730
ポリマ－154,4686
非ポリマー2,88924
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area27800 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area49620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.240, 100.240, 129.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

21A-595-

HOH

31A-597-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cellulase


分子量: 25744.621 Da / 分子数: 1 / 変異: P191S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides johnsonii DSM 18315 (バクテリア)
遺伝子: PRABACTJOHN_04122 / プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B7BGD3
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: Lithium sulfate, CHESS, Sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月5日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.079→50 Å / Num. obs: 23828 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 39.063 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 634423
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.08-2.1213.50.98211450.9270.2760.847100
2.12-2.1515.70.85311670.9660.2160.8531000.881
2.15-2.219.90.89211740.9840.2010.8691000.916
2.2-2.24220.81911580.9640.1760.891000.838
2.24-2.2924.20.74411710.980.1530.9011000.76
2.29-2.3425.90.6911660.9850.1370.9071000.703
2.34-2.4270.67211570.9860.1310.8961000.685
2.4-2.4728.10.6211770.9860.1190.9071000.631
2.47-2.5428.70.49611610.990.0940.9231000.504
2.54-2.6229.30.42811790.9930.080.951000.435
2.62-2.7129.50.33911940.9940.0630.9681000.345
2.71-2.82300.2711710.9970.050.9821000.274
2.82-2.95300.20511960.9970.0381.0091000.209
2.95-3.1130.40.15311790.9980.0281.0381000.156
3.11-3.330.70.12911770.9970.0241.1231000.131
3.3-3.5630.40.09812190.9980.0181.1911000.1
3.56-3.9130.10.08212070.9990.0151.2261000.084
3.91-4.4829.30.06812250.9990.0131.21000.069
4.48-5.6429.10.06212520.9990.0121.1111000.063
5.64-5027.40.0713530.9970.0141.20999.50.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.079→41.161 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 2177 5.21 %
Rwork0.142 39647 -
obs0.1444 22660 95.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.08 Å2 / Biso mean: 35.6628 Å2 / Biso min: 9.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.079→41.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 31 198 1996
Biso mean--42.61 45.19 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4732535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3591151
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0786-2.12380.2316850.19231538162359
2.1238-2.17320.26481400.19441952209276
2.1732-2.22750.24161500.19262466261696
2.2275-2.28780.22011540.18692533268798
2.2878-2.35510.25821200.17532586270699
2.3551-2.43110.22821520.16672566271899
2.4311-2.5180.18751610.156525972758100
2.518-2.61880.21781510.14892568271999
2.6188-2.73790.25421350.14832593272899
2.7379-2.88220.2181410.141525882729100
2.8822-3.06280.18871260.136326072733100
3.0628-3.29910.16631290.125725812710100
3.2991-3.6310.14371420.112126182760100
3.631-4.15590.13641300.111626182748100
4.1559-5.23440.14851310.115326082739100
5.2344-41.16940.17681300.166726282758100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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