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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ir2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of novel cellulases from microbes associated with the gut ecosystem | ||||||
要素 | Cellulase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / novel cellulases | ||||||
機能・相同性 | Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta / S,R MESO-TARTARIC ACID / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Parabacteroides johnsonii DSM 18315 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.079 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Mack, J. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of novel cellulases from microbes associated with the gut ecosystem 著者: Chang, C. / Mack, J. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ir2.cif.gz | 113.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ir2.ent.gz | 92.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ir2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ir2_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ir2_full_validation.pdf.gz | 455.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ir2_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ir2_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25744.621 Da / 分子数: 1 / 変異: P191S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Parabacteroides johnsonii DSM 18315 (バクテリア) 遺伝子: PRABACTJOHN_04122 / プラスミド: pMCSG68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B7BGD3 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NHE / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SRT / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: Lithium sulfate, CHESS, Sodium/potassium tartrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.079→50 Å / Num. obs: 23828 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 39.063 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 634423 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.079→41.161 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 185.08 Å2 / Biso mean: 35.6628 Å2 / Biso min: 9.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.079→41.161 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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