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Yorodumi- PDB-5ir2: Crystal structure of novel cellulases from microbes associated wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ir2 | ||||||
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Title | Crystal structure of novel cellulases from microbes associated with the gut ecosystem | ||||||
Components | Cellulase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / novel cellulases | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Parabacteroides johnsonii DSM 18315 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.079 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Mack, J. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of novel cellulases from microbes associated with the gut ecosystem Authors: Chang, C. / Mack, J. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ir2.cif.gz | 113.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ir2.ent.gz | 92.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ir2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ir2_validation.pdf.gz | 455 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ir2_full_validation.pdf.gz | 455.5 KB | Display | |
Data in XML | 5ir2_validation.xml.gz | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5ir2_validation.cif.gz | 18.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25744.621 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: P191S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Parabacteroides johnsonii DSM 18315 (bacteria) Gene: PRABACTJOHN_04122 / Plasmid: pMCSG68 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: B7BGD3 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-NHE / | ||
#3: Chemical | ChemComp-SRT / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 / Details: Lithium sulfate, CHESS, Sodium/potassium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.079→50 Å / Num. obs: 23828 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 39.063 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 634423 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.079→41.161 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.28 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.08 Å2 / Biso mean: 35.6628 Å2 / Biso min: 9.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.079→41.161 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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