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- PDB-5iqq: Crystal structure of the human RBM7 RRM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iqq
タイトルCrystal structure of the human RBM7 RRM domain
要素RNA-binding protein 7
キーワードRNA BINDING PROTEIN / pentameric assembly / RRM fold / non-crystallographic symmetry / NEXT complex / exosome / RNA degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA catabolic process / snRNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / 14-3-3 protein binding / mRNA Splicing - Major Pathway / meiotic cell cycle / single-stranded RNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
RBM7, RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
Model detailsFive RBM7 molecules per asymmetric unit folding into a pentameric ring with five-fold non- ...Five RBM7 molecules per asymmetric unit folding into a pentameric ring with five-fold non-crystallographic symmetry
データ登録者Sofos, N. / Winkler, M.B.L. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish National Research Foundation and Novo Nordisk FoundationDNRF58 デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: RRM domain of human RBM7: purification, crystallization and structure determination.
著者: Sofos, N. / Winkler, M.B. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2016年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 7
B: RNA-binding protein 7
C: RNA-binding protein 7
D: RNA-binding protein 7
E: RNA-binding protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5845
ポリマ－50,5845
非ポリマー00
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.707, 83.210, 60.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-138-

HOH

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要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein 7 / RNA-binding motif protein 7


分子量: 10116.759 Da / 分子数: 5 / 断片: RNA recognition motif, UNP residues 1-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM7 / プラスミド: pET28M-6xhis-SUMOTag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9Y580
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % / 解説: Rhombic
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 150 mM KCl, 1.4 M tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.1 Å / Num. obs: 17201 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.54 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10.58
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.52 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10-2152精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J0Q and 1H2V

2j0q

1h2v


解像度: 2.52→49.085 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 848 5.06 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2175 16760 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→49.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3267 0 0 254 3521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6914496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5392033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.67790.35081590.28482566X-RAY DIFFRACTION98
2.6779-2.88470.27931180.26812685X-RAY DIFFRACTION98
2.8847-3.17490.27671490.24452625X-RAY DIFFRACTION99
3.1749-3.63420.25411500.21712645X-RAY DIFFRACTION99
3.6342-4.57820.19251490.17452665X-RAY DIFFRACTION99
4.5782-49.09390.23241230.20622726X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03150.17570.28382.2684-0.69360.223-0.07160.1504-0.0341-0.05960.01150.00930.0945-0.0445-00.24590.03990.02590.25550.00220.224358.3043-5.283284.9885
21.3824-0.10230.85151.9457-0.43522.111-0.09720.042-0.0535-0.2649-0.00450.0642-0.29260.1989-0.00010.27810.0268-0.00090.2340.04730.220155.007322.164379.8037
30.9217-0.23350.09662.06070.4682.084-0.03460.10090.02480.1553-0.0488-0.1739-0.43960.40260.00430.4269-0.1107-0.01790.43870.05470.389768.041637.9086100.4835
41.75620.4890.51491.4810.2751.1519-0.09-0.029-0.097-0.04080.0230.0288-0.00660.093100.2581-0.06670.0170.2992-0.03060.292579.484218.7157118.6276
50.85990.23950.56551.8688-0.73740.63870.18090.04340.026-0.162-0.1846-0.06070.04-0.025800.25290.03560.00750.2837-0.00460.226473.6705-7.5724109.3266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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