PDB-5iq1: Crystal structure of RnTmm mutant Y207S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iq1

タイトル

Crystal structure of RnTmm mutant Y207S

要素

Flavin-containing monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / flavin-containing monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Roseovarius nubinhibens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structural mechanism for bacterial oxidation of oceanic trimethylamine into trimethylamine N-oxide
著者: Li, C.Y. / Chen, X.L. / Zhang, D. / Wang, P. / Sheng, Q. / Peng, M. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Li, P.Y. / Zhang, X.Y. / Su, H.N. / Song, X.Y. / Shi, M. / Zhou, B.C. / Xun, L.Y. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z.

履歴

登録	2016年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iq1.cif.gz	405.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iq1.ent.gz	329.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iq1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iq1_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5iq1_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	5iq1_validation.cif.gz	66.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gsnC 5ipySC 5iq4C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iq4-d 2xlt-1 5ipy-d 2vq7-1 5gsn-2 2vqb-2 2xvf-1 2vq7-2 2xlu-2 2xvi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flavin-containing monooxygenase

B: Flavin-containing monooxygenase

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.773, 60.903, 104.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Flavin-containing monooxygenase 分子量: 51686.594 Da / 分子数: 2 / 変異: E153A, D154A Y207S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Roseovarius nubinhibens (strain ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM) (バクテリア) 株: ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM / 遺伝子: ISM_08155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3SLM3
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 91188 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IPY

5ipy

解像度: 1.75→30.76 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	4441	5.01 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.184	88721	95.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / B_sol: 40.32 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0705 Å²	0 Å²	-1.0058 Å²
2-	-	-6.6548 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.5843 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7146	0	202	911	8259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	7584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	10334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.648	2620
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.538	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7479-1.7677	0.2765	135	0.2408	2385	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7677-1.7885	0.2489	145	0.2208	2696	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7885-1.8103	0.2442	127	0.2082	2619	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8103-1.8333	0.2325	139	0.211	2698	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8333-1.8574	0.2577	132	0.1951	2768	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8574-1.8828	0.2692	153	0.194	2737	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8828-1.9097	0.2479	123	0.2125	2675	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9097-1.9382	0.2555	126	0.2167	2718	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9382-1.9685	0.2222	142	0.1843	2820	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9685-2.0008	0.2245	142	0.1826	2796	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0008-2.0353	0.2269	147	0.1872	2828	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0353-2.0723	0.2324	152	0.1879	2829	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0723-2.1121	0.2554	144	0.1922	2856	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1121-2.1552	0.2603	136	0.1912	2846	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1552-2.2021	0.207	147	0.1845	2805	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2021-2.2533	0.2659	161	0.2117	2791	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2533-2.3096	0.2347	152	0.1947	2766	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3096-2.372	0.2437	152	0.178	2924	X-RAY DIFFRACTION	98
2.372-2.4418	0.2404	147	0.1738	2888	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4418-2.5206	0.2546	151	0.176	2907	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5206-2.6106	0.2107	162	0.1743	2864	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6106-2.7151	0.1964	162	0.1688	2906	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7151-2.8386	0.2135	151	0.1796	2804	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8386-2.9881	0.2214	153	0.1872	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9881-3.1751	0.2171	160	0.1848	2925	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1751-3.42	0.2084	152	0.1767	2931	X-RAY DIFFRACTION	99
3.42-3.7636	0.1912	170	0.1697	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7636-4.307	0.1916	147	0.1539	2866	X-RAY DIFFRACTION	96
4.307-5.4215	0.1587	164	0.1507	2918	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4215-30.7624	0.2204	167	0.1977	2873	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.618 Å / Origin y: 11.7004 Å / Origin z: 29.0414 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0387 Å²	-0.006 Å²	0.0036 Å²	-	0.0421 Å²	0.0002 Å²	-	-	-0.0062 Å²
L	0.1048 °²	-0.0001 °²	-0.0077 °²	-	0.9689 °²	0.0151 °²	-	-	0.0988 °²
S	-0.0138 Å °	-0.0008 Å °	0.0078 Å °	-0.176 Å °	0.013 Å °	-0.0198 Å °	0.0006 Å °	-0.0032 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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