+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iq1 | ||||||
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Title | Crystal structure of RnTmm mutant Y207S | ||||||
Components | Flavin-containing monooxygenase | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / flavin-containing monooxygenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Roseovarius nubinhibens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Li, C.Y. / Zhang, Y.Z. | ||||||
Citation | Journal: Mol. Microbiol. / Year: 2017 Title: Structural mechanism for bacterial oxidation of oceanic trimethylamine into trimethylamine N-oxide Authors: Li, C.Y. / Chen, X.L. / Zhang, D. / Wang, P. / Sheng, Q. / Peng, M. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Li, P.Y. / Zhang, X.Y. / Su, H.N. / Song, X.Y. / Shi, M. / Zhou, B.C. / Xun, L.Y. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5iq1.cif.gz | 405.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5iq1.ent.gz | 329.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5iq1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5iq1_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5iq1_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 5iq1_validation.xml.gz | 44.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5iq1_validation.cif.gz | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5gsnC 5ipySC 5iq4C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51686.594 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E153A, D154A Y207S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Roseovarius nubinhibens (strain ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM) (bacteria) Strain: ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM / Gene: ISM_08155 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A3SLM3 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2015 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 91188 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.81 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IPY Resolution: 1.75→30.76 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: NONE / σ(F): 0 / Phase error: 20.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Bsol: 40.32 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→30.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 14.618 Å / Origin y: 11.7004 Å / Origin z: 29.0414 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |