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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iq0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Esterase mutant - F72G | ||||||
要素 | Esterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Esterase / Est25 / Hormone-Sensitive Lipase | ||||||
機能・相同性 | short-chain carboxylesterase activity / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Esterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | uncultured bacterium (環境試料) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å | ||||||
データ登録者 | Seok, S.-H. / Seo, M.-D. / Kim, J. / Ryu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Esterase mutant - F72G 著者: Seok, S.-H. / Seo, M.-D. / Kim, J. / Ryu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iq0.cif.gz | 285.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iq0.ent.gz | 231.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iq0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5iq0_validation.pdf.gz | 461.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5iq0_full_validation.pdf.gz | 480.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5iq0_validation.xml.gz | 58.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5iq0_validation.cif.gz | 86.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38248.785 Da / 分子数: 4 / 変異: F72G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4TZQ3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.36 % |
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結晶化 | 温度: 299 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97935 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.799→36.17 Å / Num. obs: 167878 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 44.86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JKM 解像度: 1.799→36.167 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.799→36.167 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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