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万見
- PDB-5ipy: Crystal structure of WT RnTmm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ipy
タイトルCrystal structure of WT RnTmm
要素Flavin-containing monooxygenase
キーワードFLAVOPROTEIN / flavin-containing monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Trimethylamine monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Roseovarius nubinhibens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structural mechanism for bacterial oxidation of oceanic trimethylamine into trimethylamine N-oxide
著者: Li, C.Y. / Chen, X.L. / Zhang, D. / Wang, P. / Sheng, Q. / Peng, M. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Li, P.Y. / Zhang, X.Y. / Su, H.N. / Song, X.Y. / Shi, M. / Zhou, B.C. / Xun, L.Y. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2016年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-containing monooxygenase
B: Flavin-containing monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5836
ポリマ－103,5252
非ポリマー3,0584
水26,9141494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.497, 85.388, 79.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Flavin-containing monooxygenase


分子量: 51762.688 Da / 分子数: 2 / 変異: E153A, D154A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseovarius nubinhibens (strain ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM) (バクテリア)
株: ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM / 遺伝子: ISM_08155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3SLM3
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 142377 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XVE

2xve


解像度: 1.5→42.14 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 7056 5.01 %
Rwork0.146 --
obs0.147 140816 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / Bsol: 41.83 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2777 Å20 Å2-0.6384 Å2
2--2.0068 Å20 Å2
3----0.7291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7160 0 202 1494 8856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16610407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8872871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4993-1.51640.2192020.16743921X-RAY DIFFRACTION87
1.5164-1.53420.20322280.15684340X-RAY DIFFRACTION95
1.5342-1.55290.18972120.15524333X-RAY DIFFRACTION95
1.5529-1.57260.20072070.15434347X-RAY DIFFRACTION95
1.5726-1.59330.17672470.14844294X-RAY DIFFRACTION94
1.5933-1.61510.1852160.14554410X-RAY DIFFRACTION97
1.6151-1.63820.18152310.14544437X-RAY DIFFRACTION97
1.6382-1.66260.18752350.13734452X-RAY DIFFRACTION97
1.6626-1.68860.17442450.13934456X-RAY DIFFRACTION97
1.6886-1.71630.16482360.13424468X-RAY DIFFRACTION98
1.7163-1.74590.1632300.13554468X-RAY DIFFRACTION98
1.7459-1.77770.17762330.13814480X-RAY DIFFRACTION98
1.7777-1.81180.17572100.14154546X-RAY DIFFRACTION98
1.8118-1.84880.18132300.13964550X-RAY DIFFRACTION98
1.8488-1.8890.17242490.14324413X-RAY DIFFRACTION98
1.889-1.9330.17282240.1484478X-RAY DIFFRACTION97
1.933-1.98130.17362330.1484398X-RAY DIFFRACTION96
1.9813-2.03490.17522470.15084452X-RAY DIFFRACTION98
2.0349-2.09480.1712580.15354531X-RAY DIFFRACTION99
2.0948-2.16240.18162650.15434519X-RAY DIFFRACTION99
2.1624-2.23970.172550.1484500X-RAY DIFFRACTION99
2.2397-2.32930.16472410.14674519X-RAY DIFFRACTION99
2.3293-2.43530.16762230.14834579X-RAY DIFFRACTION99
2.4353-2.56370.16542840.14844521X-RAY DIFFRACTION99
2.5637-2.72430.17612270.1524531X-RAY DIFFRACTION98
2.7243-2.93460.19182300.15644484X-RAY DIFFRACTION97
2.9346-3.22980.16962390.14824564X-RAY DIFFRACTION100
3.2298-3.69690.15122470.13474564X-RAY DIFFRACTION99
3.6969-4.65680.1342410.12114585X-RAY DIFFRACTION99
4.6568-42.15410.15322310.16284620X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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