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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5io0 | ||||||
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タイトル | Xanthomonas campestris Peroxiredoxin Q - Structure F9 | ||||||
![]() | Bacterioferritin comigratory protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PrxQ / BCP / Peroxidase / redox | ||||||
機能・相同性 | ![]() thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Perkins, A. / Parsonage, D. / Nelson, K.J. / Poole, L.B. / Karplus, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Peroxiredoxin Catalysis at Atomic Resolution. 著者: Perkins, A. / Parsonage, D. / Nelson, K.J. / Ogba, O.M. / Cheong, P.H. / Poole, L.B. / Karplus, P.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5iizC ![]() 5im9C ![]() 5imaC ![]() 5imcC ![]() 5imdC ![]() 5imfC ![]() 5imvC ![]() 5imzC ![]() 5inyC ![]() 5io2C ![]() 5iowC ![]() 5ioxC ![]() 5ipgC ![]() 5iphC ![]() 3gkmS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17226.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25 / 遺伝子: XCC1738 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 10 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→31.1 Å / Num. obs: 30784 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.37 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.42 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 4476 / CC1/2: 0.37 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3gkm 解像度: 1.3→25.62 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 17.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→25.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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