PDB-5int: Crystal structure of the C-terminal Domain of Coenzyme A biosynth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5int

タイトル

Crystal structure of the C-terminal Domain of Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

要素

Phosphopantothenate--cysteine ligase

キーワード

LIGASE / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / Carboxy-lyases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Kim, Y. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal Domain of Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
著者: Nocek, B. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2016年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2018年9月19日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / struct_keywords Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _struct.pdbx_descriptor / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5int.cif.gz	169.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5int.ent.gz	135.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5int.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5int_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5int_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	5int_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5int_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/5int ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/5int	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fvj-7 6pix-d 6pj1-d 3me7-1 2li5-d 6piv-d 2f9m-d 6dir-d 6pj0-d 5fmr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp2721

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantothenate--cysteine ligase

B: Phosphopantothenate--cysteine ligase

49.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Phosphopantothenate--cysteine ligase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphopantothenate--cysteine ligase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.173, 133.173, 55.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-548- HOH
2	1	A-588- HOH
3	1	B-607- HOH

詳細

Monomer according to SEC

#1: タンパク質	Phosphopantothenate--cysteine ligase / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase / Probable coenzyme ...Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase / Probable coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC 分子量: 24811.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) 遺伝子: coaBC, GBAA_4007, AB163_23415, AB164_18935, AB165_13850, AB166_05815, AB167_23710, AB168_27015, AB169_03120, AB170_11765, AB171_07935, AB893_19460, ADK17_20550, ADT20_07585, ADT21_16720, BASH2_01930 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q81WG9, UniProt: A0A6L8Q0G8*PLUS, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Calcium Chloride 0.1 M Tris:HCl pH 8.5 25% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月22日 / 詳細: double mirror
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→32.299 Å / Num. obs: 49614 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 16.7 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 2.15→2.1917 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→32.299 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	2549	5.14 %
R_work	0.2255	-	-
obs	0.2272	49614	95.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→32.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2963	0	0	243	3206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2993
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.546	4060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.61	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1504-2.1917	0.3006	64	0.3101	1161	X-RAY DIFFRACTION	42
2.1917-2.2365	0.3261	110	0.2935	2098	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2365-2.2851	0.3483	113	0.298	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2851-2.3382	0.2819	164	0.2776	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3382-2.3967	0.298	144	0.2719	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3967-2.4615	0.3154	135	0.2597	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4615-2.5339	0.2928	156	0.2592	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5339-2.6156	0.2973	147	0.2504	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6156-2.709	0.2674	158	0.2502	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.709-2.8175	0.2849	173	0.2366	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8175-2.9456	0.3037	159	0.2315	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9456-3.1008	0.2528	138	0.2297	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1008-3.2949	0.2546	117	0.2346	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2949-3.549	0.247	154	0.2055	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.549-3.9056	0.2426	157	0.1887	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9056-4.4695	0.1921	150	0.1782	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4695-5.6262	0.1968	140	0.185	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6262-32.3028	0.2457	170	0.2126	2703	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.523	-0.8075	-1.6075	2.1718	0.8991	3.1156	-0.0122	0.1366	0.2295	0.0238	-0.0624	0.0563	0.0639	0.024	0.0751	0.0979	0.0694	0.0494	0.0462	-0.0266	0.036	33.5141	44.1946	20.8792
2	1.4614	0.2375	-0.7344	1.9767	0.7368	1.8985	0.1045	0.2025	0.3483	-0.1329	-0.0596	0.0903	-0.1375	-0.0641	-0.1769	0.0773	0.0647	0.0923	0.0438	-0.0217	0.1681	34.6894	48.6286	23.9431
3	2.9209	-0.1619	-0.9194	1.7009	0.5157	1.5207	-0.0479	-0.0972	0.5642	-0.2391	-0.031	0.4013	-0.1091	-0.2166	0.0075	0.2221	0.0575	0.0794	0.2138	0.043	0.393	28.92	57.8668	20.4514
4	0.4794	0.0476	0.0774	5.5745	1.7829	1.448	0.2397	0.5594	0.5544	-0.2795	-0.0533	0.8257	-0.2932	-0.4234	-0.2326	0.3959	0.181	0.088	0.4264	0.2212	0.366	30.5245	52.4117	4.0346
5	4.3278	0.7435	-0.6815	4.2819	0.3439	6.2152	0.2031	0.6346	0.3723	-0.6283	-0.0781	-0.4122	-0.386	0.3339	-0.0689	0.299	0.1528	0.1134	0.3733	0.0991	0.1196	41.1926	45.8388	5.0125
6	6.8767	-2.136	3.1369	2.4497	-0.9009	3.0076	0.1936	-0.0606	-0.4225	0.1268	-0.0127	0.3085	0.0912	-0.0279	-0.0722	0.3101	-0.0544	0.0624	0.0457	0.0292	0.2157	30.6975	77.2942	30.9549
7	2.2474	0.235	0.7996	2.6221	-0.0542	2.1034	0.0443	0.1291	-0.0528	0.2903	-0.0623	-0.4018	-0.0292	0.2986	0.0547	0.2328	-0.0355	0.0549	0.0655	0.0556	0.2157	40.4259	75.5492	32.1166
8	6.8642	-0.7742	2.556	0.2306	-0.3514	0.9771	0.0529	-0.155	-0.571	0.2717	0.103	0.7374	-0.0033	-0.153	-0.097	0.3361	0.0223	-0.0022	0.2254	0.0641	0.5696	24.8203	71.4285	33.3749
9	2.9664	1.4594	-0.081	0.7643	-0.2495	1.678	-0.0329	-0.1177	-0.306	0.1441	-0.1197	-0.2813	0.2383	0.0789	-0.0594	0.4797	-0.0822	-0.0406	0.1712	0.1298	0.3644	35.1145	60.7428	37.9903
10	0.9631	-0.8009	-0.3066	5.4481	2.1441	1.0967	0.0157	-0.3191	-0.0774	0.7092	-0.2311	0.5248	-0.1032	-0.3589	-0.0499	0.7245	-0.0334	0.022	0.3205	0.0705	0.2315	31.5676	73.5899	49.0308
11	1.2073	0.3947	-0.8578	4.2077	-0.81	1.5186	0.1666	-0.3575	0.0727	0.6857	-0.1365	-0.1795	-0.1946	0.0916	-0.0157	0.9017	-0.0816	-0.0761	0.3258	0.0267	0.2409	36.9705	78.5153	53.409
12	6.205	-3.8712	0.2951	8.9068	0.4056	4.7713	-0.0498	-0.5559	-0.0788	0.7837	0.0632	-0.3997	0.1396	0.4885	0.006	0.5482	-0.066	-0.1472	0.343	0.0479	0.3016	45.6494	73.8118	48.636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 182 through 234 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 235 through 281 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 282 through 328 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 329 through 380 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 381 through 399 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 185 through 213 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 214 through 266 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 267 through 305 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 306 through 317 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 318 through 357 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 358 through 380 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 381 through 399 )

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